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万历十五年（1587年），努尔哈赤在赫图阿拉筑城，设理政五大臣、扎尔固齐（断事官），制定“定国政”三条：“凡作乱、盗窃、欺诈者，严惩不贷”。他坐在自己搭建的木屋里，听五大臣汇报案情，用女真旧俗结合汉法断案。有一次，栋鄂部的人偷了建州的牛，努尔哈赤不仅罚其十倍赔偿，还让偷牛者在部落大会上自扇耳光——这种带着羞辱性的惩罚，比单纯的杀戮更能震慑人心。他还规定，无论贵贱，杀人者必须偿命，哪怕是贝勒犯错，也要当众受罚。这些规矩让涣散的女真部落第一次有了秩序，也让更多人愿意投奔赫图阿拉。
当时的女真分为建州、海西、野人三大部，其中海西女真的叶赫、乌拉、哈达、辉发四部最为强盛，他们阻碍了建州女真扩张的道路。万历二十一年（1593年）九月，叶赫贝勒布斋联合乌拉、哈达等九部联军三万，分三路扑向赫图阿拉。
努尔哈赤让人在城外险要处挖深壕、设栅栏，自己则在城楼上酣睡。妃子富察氏不解，他笑道：“九部联军虽多，却是乌合之众。我若害怕，他们必乘势来攻；我若安睡，他们倒要疑神疑鬼。”次日清晨，他亲率五千精兵在古勒山列阵，让额亦都率百骑挑战。叶赫贝勒布斋不知是计，怒冲冲挥刀冲阵，却被木桩绊倒，建州兵上前一刀斩下首级。联军见主帅被杀，顿时溃散，乌拉贝勒布占泰被俘时，还在乱军里咬掉了建州兵的一只耳朵。
古勒山大捷后，努尔哈赤开始了对海西四部的蚕食。他用联姻拉拢，将女儿嫁给布占泰；用离间计瓦解哈达部，趁其内乱时出兵吞并；又以辉发部“背盟”为由，攻破辉发城，将城主拜音达里父子斩杀。最棘手的是叶赫部，他们与明朝关系密切，明军多次出兵保护。万历四十一年（1613年），努尔哈赤亲率三万大军攻乌拉，布占泰率三万骑兵在富尔哈河对岸列阵。两军相接时，努尔哈赤一马当先，头盔被流矢击中，他拔下箭继续冲锋，乌拉兵不敌溃散，布占泰逃往叶赫。这场战役持续了十天，乌拉部的城池、人口、牲畜全被并入建州，海西四部已去其三。
统一的过程里，努尔哈赤规定，凡归降的部落首领，保留原有地位；普通部众则按“牛录”编制，三百人为一牛录，设牛录额真管理。每个牛录分配土地、农具，战时则披甲出征。这种军政合一的制度，让原本松散的部落变成了高效的战争机器。他还创制满文，让额尔德尼、噶盖在蒙古文基础上增减笔画，记录女真语言——在此之前，女真各部没有通用文字，政令全靠口传，满文的诞生让赫图阿拉真正成了女真的文化中心。
到万历四十四年（1616年），除叶赫部外，女真各部已基本统一。从抚顺关到长白山，从松花江到鸭绿江，都回荡着“爱新觉罗”的名号。赫图阿拉的城郭也一再扩建，外城周长三里，内城周长一里，城里有铁匠铺、粮仓、箭坊，甚至还有专门接待蒙古使者的“馆驿”。苏子河上的木桥每天都挤满运送粮草的牛车，河边的晒谷场能同时容纳千人打谷，这座曾经的小屯寨，已悄然具备了都城的气象。
称汗仪式的前一晚，赫图阿拉下了场小雪。努尔哈赤在宫室里召见五大臣，桌上摊着一幅辽东地图。“明日之后，”他用手指点着赫图阿拉的位置，“这里就不是建州左卫的治所了。”额亦都接口道：“汗王应定国号、建元