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年羹尧的骄纵，逐渐触怒了雍正。雍正二年十月，年羹尧进京陛见，沿途的僭越行为被密探上报，雍正帝在朱批中第一次流露出不满：“凡人臣图功易，成功难；成功易，守功难；守功易，终功难。”（大凡臣子图谋功劳容易，成就功劳困难；成就功劳容易，守住功劳困难；守住功劳容易，善终功劳困难。）这番话，已是明显的警告。
雍正三年（1725年）正月，年羹尧在奏折中误将“朝乾夕惕”写作“夕惕朝乾”，雍正帝借此发难，上谕斥责：“年羹尧非粗心办事之人，其故将‘朝乾夕惕’倒置，是其心不欲朕‘朝乾夕惕’也。”（年羹尧不是粗心办事的人，他故意将“朝乾夕惕”写颠倒，是他心里不希望朕“朝乾夕惕”啊。）“朝乾夕惕”意为君主勤勉，雍正帝将笔误上升到“不敬君”的高度，实则是清算的信号。
随后，雍正帝开始逐步削夺年羹尧的权力。他先是将年羹尧的亲信甘肃巡抚胡期恒革职，接着解除年羹尧川陕总督之职，调任杭州将军。《清史稿》记载：“上谕曰：‘羹尧自恃己功，显露不敬之意，岂可仍居总督之位？’”（皇上谕旨说：“年羹尧自恃自己的功劳，显露出不敬的意思，怎么可以仍然担任总督的职位？”）官员们见风向不对，纷纷上奏弹劾年羹尧，列举其“大逆不道”“欺罔君上”“贪赃枉法”等罪状。
雍正三年十二月，议政王大臣会议汇总年羹尧罪状，共九十二款，其中可判死刑的就有三十多款，包括“与胤禵暗通款曲”“僭用龙袍”“滥杀无辜”等。雍正帝在谕旨中痛斥：“年羹尧辜负朕恩，悖逆不道，天地所不容，国法所难宥！”（年羹尧辜负朕的恩宠，悖逆不合道义，天地所不能容忍，国法所难以宽恕！）但念及“年羹尧青海之功，朕不忍加极刑”，最终于雍正四年（1726年）正月，赐年羹尧在狱中自缢，其子年富处斩，其余家人流放边疆。
《啸亭杂录》记载，年羹尧接到赐死谕旨时，“犹冀皇上念旧恩，上书乞宥”，但雍正帝不为所动。他临死前写下“恨事千年谁雪，怨气一时难消”的诗句，感叹自己的悲惨结局。更有传言称，年羹尧被抄家时，发现其家中藏有“逆书”，其中有“皇帝分赏羹尧财物，皆为寻常之物”等语，坐实了他的“不敬”之罪。
年羹尧的覆灭，表面看是因骄纵跋扈，实则是封建皇权下“功高震主”的必然。雍正帝继位初期，根基未稳，需要年羹尧这样的重臣稳定西北、打击政敌（如胤禵）；但当皇位稳固后，年羹尧的权势便成了威胁。
从政治层面看，年羹尧掌握西北兵权，又与“八爷党”有渊源（曾与胤禵共事），雍正帝既需利用他，又忌惮他与政敌勾结。据《清世宗实录》，雍正帝曾私下对大臣说：“年羹尧手握重兵，若与阿其那（胤禩）等勾结，必成大患。”此外，年羹尧的“年选”制度，挑战了朝廷的用人权，与雍正帝强化中央集权的方针相悖。
从个人关系看，雍正帝性格多疑，对“朋党”深恶痛绝。年羹尧的“年党”势力，无疑触碰了他的底线。雍正三年，雍正帝在给大臣的谕旨中明确表示：“朕最恶朋党，凡结党营私者，必严惩不贷。年羹尧之党，当一一清除。”（朕最憎恶朋党，凡是结党营私的人，必定严厉惩罚不宽恕。年羹尧的党羽，应当一一清除。）
值得注意的是，年