附会之说，非孟子本意”，体现出严谨的考据精神。
《四库全书总目提要》的撰写是纪昀最杰出的贡献。这部二百卷的巨着，为三千四百余种书籍撰写了提要，“每书先列作者爵里，次考书之内容，再论其得失，终定其存废”，不仅是目录学的巅峰之作，更蕴含着丰富的学术思想。他在《总目提要·凡例》中强调：“辨章学术，考镜源流，非徒为甲乙之次，实欲明圣学之旨。”这种将学术与思想引导相结合的编纂理念，深得乾隆帝赞赏。
乾隆四十七年（1782年），第一部《四库全书》告成，纪昀因功升侍读学士，赏戴花翎。乾隆帝在乾清宫设宴嘉奖，亲赐纪昀“敏而好学”匾额，称赞其“综览古今，博辨洽闻，实为一代儒宗”（《清高宗实录》卷一千一百五十七）。
纪昀能在乾隆朝长期得宠，不仅因其学识，更因其独特的“诙谐侍君”之道。乾隆帝虽崇尚文治，却性情严苛，大臣稍有不慎便可能获罪，而纪昀总能以幽默化解危机，既不失君臣之礼，又尽显才思敏捷。
据《啸亭杂录》记载，一次乾隆帝在热河行宫看书，见“朕”字被误写为“予”，勃然大怒，质问纪昀：“此书乃你校勘，为何错字未改？”纪昀从容答道：“圣上明鉴，此字非错。书中所言乃‘匹夫之志’，故用‘予’字；若论天子之志，则必用‘朕’字。臣见圣上近日以匹夫之心忧天下，故未敢擅改。”一番话既解了错字之过，又颂扬了皇帝勤政，乾隆帝转怒为喜，笑道：“朕知你善辩，今日又被你绕过去了。”
他的诙谐并非油滑，而是暗含讽喻。乾隆晚年好大喜功，多次南巡耗资巨万，纪昀借编书之机，在《南巡盛典》提要中写道：“巡狩之举，本为察民情、观吏治，若过于奢靡，则失本意。”乾隆帝看后虽未明言，却在后续南巡中有所收敛。这种“以文进谏”的方式，比直言抗争更易被接受。
一次乾隆帝命他为和珅新落成的府第题字，和珅想借机炫耀，纪昀却题“竹苞”二字。和珅以为是“竹林繁茂”之意，欣然悬挂。后乾隆帝见之，笑道：“此乃纪昀骂你‘个个草包’也！”和珅虽恼，却因纪昀题字巧妙而无法发作（《清稗类钞·诙谐类》）。这种不卑不亢的态度，让他在复杂的官场中始终保持清名。
作为学者，纪昀恪守“实事求是”的考据传统。他主持编纂的《四库全书》虽有政治审查的局限，但在学术校勘上堪称典范。对《说文解字》的整理，他“博考钟鼎铭文，参校唐宋类书”，纠正了历来传抄的数百处错误；对《水经注》，则“以郦道元原文为纲，删汰后世附会之说”，使这部古籍恢复原貌。其私人着作《阅微草堂笔记》，虽多记狐鬼故事，实则“借鬼狐喻人事，以因果劝世风”，体现出儒者的社会关怀。
作为官员，他始终坚守“清廉奉公”的原则。任都察院左都御史时，他弹劾贪官污吏毫不留情，曾参倒陕甘总督勒尔谨等多名高官，有“纪青天”之称。晚年任礼部尚书，主管科举，“杜绝请托，唯才是举”，嘉庆帝曾回忆：“朕幼年就读，闻纪公典试，所取多寒士，士林皆服其公。”（《清仁宗实录》卷三十五）
他的处世哲学集中体现在《纪氏家训》中：“事君者，当忠而不谀；为学者，当博而不杂；待人者，当诚而不欺。”这种平衡之道，让他在乾隆朝历经风波而不