新疆，古称\"西域\"，自乾隆年间平定准噶尔部后纳入中国版图，设伊犁将军管辖。然而，咸丰、同治年间，清廷内困于太平天国与陕甘回民起义，无暇西顾，新疆局势渐趋失控。同治三年（1864年），新疆各族民众爆发反清起义，各地豪强趁机割据，形成多个互不统属的政权。
就在此时，外部势力乘虚而入。同治四年（1865年），中亚浩罕汗国（今乌兹别克斯坦境内）军官阿古柏（穆罕默德·雅霍甫）受割据势力邀请，率军入侵新疆，先后攻占喀什噶尔、叶尔羌、和田等地。同治六年（1867年），阿古柏建立\"哲德沙尔汗国\"（意为\"七城之国\"），自立为汗，实行残暴统治，\"赋税苛重，民不聊生，各族百姓多逃往戈壁躲避\"（《新疆图志·武功志》）。
这期间沙俄动作不断。同治十年（1871年），沙俄以\"替清廷代收伊犁\"为名，出兵占领伊犁九城，声称\"俟中国克复乌鲁木齐、玛纳斯等城，当即交还\"（《中俄北京条约》附约）。实则暗中扶持阿古柏，企图以伊犁为据点，逐步蚕食新疆。至同治十三年（1874年），阿古柏已控制新疆南路全部及北路大部，沙俄占据伊犁，新疆几乎沦为异域，正如左宗棠在奏折中痛陈：\"新疆不复，则蒙古不安，匪特陕甘山西各边时虞侵轶，即直北关山，亦将无晏眠之日。\"（《左文襄公全集·奏稿》）
新疆危局牵动朝野，但清廷此时正面临另一场危机——同治十三年（1874年），日本出兵台湾，虽最终以赔款撤军告终，却引发了关于\"海防\"与\"塞防\"的激烈争论。直隶总督李鸿章认为，\"新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则心腹之大患愈棘\"，主张暂停西征，将经费用于建设海军，\"暂弃新疆，专顾海防\"（《李文忠公全集·奏稿》）。
此言论一出，立即遭到左宗棠的驳斥。光绪元年（1875年），左宗棠上《复陈海防塞防及关外剿抚粮运情形折》，直言：\"东则海防，西则塞防，二者并重，不可偏废。\"他强调新疆的战略价值：\"新疆幅员万里，矿产丰饶，畜牧蕃息，实为聚宝之区。若拱手让人，则俄人得寸进尺，必欲据我蒙古，直逼京师，彼时海防亦难保全。\"（《左文襄公全集·奏稿》）
左宗棠的论证切中要害。清廷最终采纳其主张，任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，\"速筹进兵，早复失地\"。这场争论的实质，是近代中国在边疆危机中如何分配有限资源的战略抉择，而左宗棠的坚持，为保住六分之一的国土奠定了基础。
收复新疆，难度非常大。新疆地处偏远，沙漠戈壁占其大半，\"千里无人烟，饮水奇缺\"；阿古柏军配备洋枪洋炮，且有沙俄暗中支持；清军则需从陕甘调兵，粮饷转运耗费巨大。左宗棠深知此战\"非速战可胜，非久备不可\"，故提出\"缓进急战\"的战略：先筹粮饷、练军队、修道路，待准备万全后，集中兵力速战速决。
筹粮是首要难题。左宗棠算了一笔账：西征大军约七万人，每人每日需粮一斤，一年即需粮近三千万斤。他派人分赴甘肃、宁夏、内蒙古等地采购，又在哈密屯田，\"兵民共耕，岁收粮食数万石\"（《左文襄公年谱》）。为运粮，他建立了四条运输线，其中从包头至古城（