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此时的颐和园，成为了守旧派的避难所。怀塔布的妻子跪在慈禧面前，将光绪帝的谕旨一件件念出，说到\"允许官民上书言事，不得阻挠\"时，慈禧手中的佛珠戛然停住：\"他是要把天下人都召来骂我吗？\"一旁的荣禄低声附和：\"新政太急，已致人心惶惶，直隶绿营兵丁都说，再裁兵饷就要哗变了。\"
紫禁城的南书房，光绪帝正与康有为彻夜长谈。康有为力主\"设议院以通下情\"，光绪帝却叹息：\"太后不允，奈何？\"（《康南海自编年谱》）君臣二人最终商定，先从经济、教育入手，待时机成熟再议政治改革。但年轻的皇帝显然已按捺不住，八月初，他竟直接谕令袁世凯编练新军，\"着即酌带所部，迅速来京\"，试图掌控军权。
这一举动让荣禄大为惊恐。他连夜从天津赶回北京，在颐和园密奏慈禧：\"袁世凯野心勃勃，若为帝所用，恐生大变。\"（《戊戌纪略》）慈禧随即下令：\"九月初，朕将赴天津阅兵，着荣禄届时调度各军。\"
此时的京城已如沸腾的油锅。吏部主事陈三立（曾国藩之孙）在给父亲陈宝箴的信中描述：\"每日朝堂之上，新旧两党如同水火，御史杨崇伊连日递折，请太后训政，言辞甚急。\"（《散原精舍文集》）
九月初，光绪帝的谕旨更加密集。他下令\"各省府厅州县现有之大小书院，一律改为兼习中西学之学堂\"，又谕令\"八旗蒙古汉军各旗，均改练洋枪队\"。最激进的是，他竟准备撤销总理衙门，改设\"外务部\"，这直接触动了奕匡等亲王的利益。
康有为意识到危机迫近，他在八月底的密信中对梁启超说：\"今而知皇上孤掌难鸣，守旧党已联结荣禄，将在天津发难。\"（《戊戌政变记》）他冒险找到了袁世凯，许以兵部尚书之职，劝其在阅兵时保护圣驾。袁世凯表面应承，转头却向荣禄告密。
九月十三日，光绪帝亲临颐和园向慈禧请安，请求批准设立\"懋勤殿\"作为新政中枢。慈禧厉声回绝：\"你要设新机构，用新人，是要把祖宗的家业都败光吗？\"（《清稗类钞》）两人争执至深夜，光绪帝回宫后，连夜写下一道密诏：\"朕位且不能保，何况其他？汝康有为、杨锐、林旭、谭嗣同、刘光第等，可妥速密筹，设法相救。\"（《光绪朝东华录》）
九月十八日，谭嗣同夜访法华寺，劝说袁世凯起兵勤王，袁世凯\"佯诺之，退即密告荣禄\"（《清史稿·袁世凯传》）。九月二十一日凌晨，慈禧从颐和园赶回紫禁城，直入光绪帝寝宫，将其软禁于瀛台。她对着瑟瑟发抖的皇帝冷笑：\"你要变法，我让你变个够！\"
当天，一道\"训政\"谕旨传遍天下：\"现在国事艰难，庶政待理，朕（慈禧自称）不得已仍行训政。\"（《清德宗实录》卷427）轰轰烈烈的百日维新，在颁布了一百八十多道谕旨后，以迅雷不及掩耳之势落幕。
政变发生时，梁启超正躲在日本公使馆。他望着窗外搜捕维新派的兵丁，想起光绪帝召见时的情景：\"皇上垂询变法事宜，至三刻之久，言及国势艰难，泪落如雨。\"（《饮冰室合集》）而康有为已在英国领事馆的帮助下，乘轮船逃往香港。
瀛台的玉澜堂内，光绪帝望着水中残荷，手中紧攥着