王，朕的儿子慕容暐，今年才十一岁，年纪太小，不足以支撑大业。你是我燕室的栋梁，若你愿意，可取代慕容暐，登基为帝。只要能保住燕国的基业，朕死而无憾。”
慕容恪闻言，当即跪地叩首，额头磕在地上，鲜血直流：“陛下，臣深受先帝厚恩，又受陛下信任，若有二心，必遭天打雷劈！臣愿辅佐幼主，至死不渝，绝不让前燕的基业毁于一旦！若臣有半句虚言，让我死后不得入慕容氏的祖坟！”
慕容儁见他如此忠诚，感动得泪流满面，他颤巍巍地从枕头下拿出传国玉玺，递给慕容恪：“太原王，朕把燕国和幼主都托付给你了。你一定要好好辅佐他，让燕国越来越强大。”
慕容恪接过玉玺，郑重地说：“陛下放心，臣定不辱使命！”
不久后，慕容儁病逝，太子慕容暐登基，年仅十一岁。慕容恪以太宰之职辅政，总理朝政。此时的前燕，内有幼主临朝，外有前秦和东晋的威胁——前秦的苻坚，重用王猛，整顿吏治，国力日渐强盛；东晋的桓温，手握兵权，一心想北伐中原，收复失地。局势十分危急。
可慕容恪却镇定自若，他知道，要想保住燕国，必须先稳定内部，再防备外敌。他辅政期间，做了两件影响深远的事。
第一件事，是重用汉人官员。前燕是鲜卑慕容氏建立的政权，之前的官员大多是鲜卑人，汉人官员很少有机会参与朝政，这导致鲜卑人与汉人的矛盾越来越深。慕容恪辅政后，大力提拔汉人官员，比如申胤、悦绾等人。申胤学识渊博，慕容恪就让他担任太子太傅，教导慕容暐读书；悦绾有治国之才，慕容恪就让他担任尚书左仆射，整顿吏治。
悦绾上任后，发现前燕的官员大多虚报户口，逃避赋税，导致国家的财政收入减少。他便向慕容恪建议，重新核查户口，严惩虚报户口的官员。慕容恪当即同意，还亲自支持悦绾的工作。悦绾雷厉风行，短短三个月，就查出了二十多万虚报的户口，增加了国家的财政收入。百姓们见汉人官员也能为燕国办实事，对前燕的认同感也越来越强，鲜卑人与汉人的矛盾，也缓解了不少。
第二件事，是平定辽东慕容仁的叛乱。慕容仁是慕容皝的弟弟，也就是慕容恪的叔父，他一直不满慕容儁登基，见慕容暐年幼，便在辽东起兵反叛，还勾结匈奴人，想夺取皇位。
慕容恪得知后，亲自率军前往辽东平叛。他知道慕容仁在辽东经营多年，势力不小，便采用“声东击西”之计——先是派人假装从陆路进攻，吸引慕容仁的注意力，然后亲自率领精锐骑兵，从海路出发，突袭慕容仁的大营。
慕容仁果然中计，把主力都派去防守陆路，大营里只剩下少量士兵。慕容恪率军突袭，一举攻破大营，慕容仁措手不及，被燕军生擒。平定叛乱后，慕容恪并没有杀慕容仁，而是把他押回邺城，软禁起来——他知道，杀了叔父，会让慕容氏内部产生矛盾，软禁既能惩罚慕容仁，又能保住慕容氏的颜面。
此后，前燕的内部逐渐稳定，百姓安居乐业，国力也日渐强盛。东晋的桓温见前燕强盛，不敢轻易北伐；前秦的苻坚，也暂时不敢对前燕动兵。
可常年的征战和操劳，也拖垮了慕容恪的身体。东晋太和二年（公元367年），慕容恪因积劳成疾，卧床不起。他知道自己时日无多，便召来慕容暐和几个大臣