动摇社稷根基。”
武则天沉默良久，最终意识到，来俊臣已犯众怒，站在了武氏宗族和太平公主的对立面——这些人是她政权的核心支柱，她不能为了一个酷吏，而失去这些人的支持。于是，武则天下令将来俊臣逮捕入狱，交由刑部审讯。
最终，刑部判定来俊臣“谋反罪成立”，请求武则天将其处死。武则天犹豫了三日，最终还是下了一道敕令：“来俊臣滥杀无辜，罪大恶极，着即处斩，家产抄没，家人流放岭南。”
神功元年六月初三，来俊臣被押赴长安西市斩首。消息传出后，长安百姓纷纷涌上街头，争相前往西市观看。当来俊臣的头颅落地时，百姓们欢呼雀跃，甚至有人冲上前去，割下他的肉生吃，以泄心头之恨。《资治通鉴》记载，来俊臣死后，“士民莫不称庆，脔其肉，斯须而尽，仇家争食其心肝”。