陈瑛，字子玉，湖广蕲州人。洪武年间以国子监生入仕，历任御史、山东按察使，却因办案过于苛刻被贬；建文帝时，他虽重回官场，却始终未得重用，郁郁寡欢。直到永乐元年（1403年），朱棣推翻建文帝登基，陈瑛因率先上表拥护，被擢升为都察院左都御史——这个掌管全国监察、弹劾百官的职位。此后数年，他以“靖难余党”为名，罗织罪名，株连无辜，数万人因他的弹劾而死，史称“瑛为都御史，专以搏击为能，建文诸臣，诛夷殆尽”。
永乐元年（1403年）正月，朱棣在南京登基，改元永乐。登基后的第一件事，就是清算建文旧臣——那些曾效忠建文帝的官员，成了他的眼中钉。这时，朱棣启用陈瑛来主持“清算”。
朱棣召见陈瑛时，问他：“如今建文余党仍在朝中，若不严惩，恐生后患。你若任都御史，当如何处置？”
陈瑛躬身回道：“臣以为，治乱世当用重典。建文旧臣中，若有誓死不降、仍怀异心者，当诛之以儆效尤；若有虽降却私下议论陛下者，当贬谪流放；若有安分守己、愿为陛下效力者，可暂留原位，以观后效。”
这番话，说到了朱棣的心坎里，他当即任命陈瑛为都察院左都御史，还特批他“凡建文余党案，可先审后奏，不必事事请示”。拿到这个权力后，陈瑛第一时间就把矛头对准了建文朝的核心大臣——方孝孺。
当时方孝孺因为拒绝为朱棣草拟登基诏书，被朱棣下令打入天牢。陈瑛让人伪造了一封方孝孺与“建文旧部”的书信，信中写道“待时机成熟，当联络各地藩王，共讨朱棣”。朱棣看了书信，勃然大怒，当即下令将方孝孺押赴刑场，凌迟处死。可陈瑛还不满足，又奏请朱棣“族诛方孝孺”，理由是“方孝孺的亲友多为建文旧臣，若留之，恐为后患”。朱棣准奏，方孝孺的父族、母族、妻族共八百七十三人，全被处死，连他的学生、朋友都被牵连，流放者达数千人——这就是历史上着名的“方孝孺案”，也是陈瑛主持“清算”的第一个大案。
方孝孺案后，陈瑛在都察院设立了“建文余党专审司”，专门负责搜罗建文旧臣的罪证。只要有人举报“某官曾为建文效力”，不管证据真假，陈瑛都会立刻派人将其逮捕入狱。为了让犯人“认罪”，他还发明了多种酷刑，比如“烙铁烙身”“灌铅水”，不少官员不堪折磨，只好屈打成招。
建文朝的兵部尚书齐泰，在朱棣起兵后曾率军抵抗，后来兵败逃亡，被燕军抓获。陈瑛审案时，齐泰坚称自己“只为保社稷，非为个人”，不肯认罪。陈瑛见状，下令对他用刑，还把他的儿子抓来，当着他的面严刑拷打。齐泰不忍儿子受苦，只好承认自己“谋反”。最终，齐泰被凌迟处死，他的家族也被株连，仅十岁以下的孩童被流放，其余人全被杀死。
同样被陈瑛构陷的，还有建文朝的太常寺卿黄子澄。黄子澄是“削藩”的主要倡导者，朱棣对他恨之入骨。陈瑛抓到黄子澄后，没有立刻定罪，而是先将他押到南京街头示众，让百姓扔石头辱骂他。示众结束后，陈瑛才开始审案，逼黄子澄写下“认罪书”，承认自己“蛊惑建文削藩，引发战乱”。黄子澄不肯写，陈瑛就下令“割其舌”，让他无法说话，最后还是让人代笔写下“认罪书”，将他凌迟处死。黄子澄的家族也未能幸免，株连三族，死者达数百人