许昌，孔融被征召为将作大匠，后迁少府，成为朝廷重臣。
此时的曹操已迎奉天子，挟制朝政，孔融虽为曹操所召，却始终以汉室忠臣自居，与曹操的矛盾逐渐浮出水面。
曹操击败袁绍后，其子曹丕纳袁熙之妻甄氏为妾。
此事在当时看来有违伦理，孔融得知后，写信给曹操，称“武王伐纣，以妲己赐周公”。
曹操起初不解其意，以为是自己未曾见过的典故，便询问出处，孔融答道：
“以今度之，想当然耳。”
这番话明里是调侃，实则暗讽曹操父子不顾伦理纲常，将他人之妻据为己有。
曹操何等精明，自然明白其中深意，心中颇为不满，但碍于孔融的声望，只得隐忍不发。
建安十二年（公元207年），曹操北征乌桓，意在平定北方边疆，消除后患。
这本是有利于国家稳定的举措，孔融却上书嘲讽：
“大将军远征，萧条海外。昔肃慎不贡楛矢，丁零盗苏武牛羊，可并案也。”
他将曹操北征比作古代边疆部落的小摩擦，言语中充满不屑，无疑是在动摇军心。
曹操见奏后，怒不可遏，对身边人说：
“孔文举恃才傲物，竟敢如此无礼！”
但他仍未立刻发作，只是将这份不满记在心中。
更让曹操无法容忍的是，孔融多次在政治上与他针锋相对。
曹操为解决军粮短缺问题，颁布禁酒令，称“酒可亡国，昔夏桀、商纣皆因酒而亡”，试图通过禁酒节省粮食。
孔融却接连写下《难曹公表制禁酒书》，列举历代帝王饮酒成就功业的例子，如“尧不千钟，无以建太平；孔非百觚，无以堪上圣”，主张“酒何负于政哉”，言辞犀利，直指曹操借禁酒之名行专权之实。
他在文中写道：
“若因酒而罪，那么桀纣因女色亡国，何不禁婚姻？”
这番话让曹操颜面尽失，却又无从反驳。
孔融还曾建议“千里寰内，不以封建诸侯”，试图削弱曹操的封邑势力，维护汉室中央集权。
当时曹操已被封为魏公，势力日益膨胀，孔融的这一建议无疑是直接挑战他的权威。
曹操召集谋士商议，郭嘉说：
“孔融虽有才，却不识时务，若不加以遏制，恐动摇人心。”
曹操深以为然，开始暗中收集孔融的言行，寻找除掉他的机会。
孔融的种种言行，在曹操眼中已成为阻碍其霸业的绊脚石。
但孔融是士林领袖，
“海内英俊皆信服之”，
他的府邸每日都有士人拜访，探讨时政、交流学问，其影响力不容忽视。
曹操碍于其声望，一直隐忍未发，暗中却在等待时机。
当时的尚书令荀彧曾劝孔融：
“曹公权重，先生若与之相争，恐难自保，何不稍作退让？”
孔融答道：
“食君之禄，忠君之事，我身为汉臣，岂能屈从权臣？”
建安十三年（公元208年），曹操终于下定决心除掉孔融。
此时曹操已基本统一北方，权势稳固，而孔融仍在朝堂上直言不讳地批评曹操的政策，甚至公开反对曹操进位魏公。