祖允准，诏命太子任陕东道大行台，兼山东道行军元帅，黄河南北各州均受处置，有权随机行事，往征刘黑闼。
齐王李元吉见太子兵权到手，遂进言道：兄宜趁早除去秦王，我当替兄亲手杀之！
太子闻而大喜，点头应允。
其后未久，李世民随从高祖前往元吉府第，元吉命护军宇文宝埋伏寝室，准备动手。
李建成因谓有父皇同行，急忙制止。
高祖及秦王离去，元吉怒道：我是为兄长着想，故而行险，对我自己有何好处！
李建成也觉后悔，遂召募骁勇之士两千，充当东宫卫士，驻于东宫左右长林门，号称长林兵。
又暗使右虞候率可达志联络燕王罗艺，调集幽州骁勇精锐骑兵三百人，安置在东宫之外各个坊市之中，以充东宫警卫。
结果被人告，上报高祖。
李渊怒责建成，命将可达志流放巂州。
李建成不知悔改，复命亲信庆州都督杨文干私下募集勇士，送往长安。
高祖前往豳州仁智宫，命建成留守京城，世民与元吉随行。
建成率群臣送至城外，暗对元吉说道：安危大计，就在今年！
回城以后，又指使郎将尔朱焕、校尉桥公山，赠给杨文干盔甲千副，以装备所募兵勇。
唐高祖至于豳州未久，便有宫中守卫统领密报送达，报说京都生变故，告太子指使杨文干起兵，意欲攻占京城，命自己以为内应。
高祖尚且不信，时有宁州人鄯州刺史杜凤举前来迎驾，也密报太子欲外联诸州刺史，欲起事夺位之事。
高祖大怒，便借口别事，亲笔诏书传召建成前往仁智宫。
李建成心中害怕，不敢前去，议于东宫众臣。
太子舍人徐师谟劝道：今天子在外，太子不如干脆占据京城，兵起事。
詹事主簿赵弘智急谏阻道：万万不可！
今天子禁军及秦王府精兵，多出东宫所辖兵马数倍，且能征惯战之将皆在秦王幕府，岂可妄动！
陛下此诏仅为试探而已，太子不如自免车驾章服，屏除随从人员，到仁智宫认罪，则天子疑心自消。
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李建成听从赵弘智之谏，决定前往仁智宫请罪。
离开长安之后，便将所属官员全部留在六十里外堡栅，只带十多骑进见高祖，伏地叩头认罪。
因用力过猛摔出，几乎晕死。
高祖余怒未消，将其囚禁；并遣司农卿宇文颖，去传召杨文干。
宇文颖来到庆州，却将内里实情皆都告诉杨文干。
于是杨文干骇惧，只得起兵造反。
高祖怒不可遏，乃遣左武卫将军钱九陇为帅，灵州都督杨师道副之，合兵攻击杨文干，平其叛乱。
一面又传召秦王李世民，商量此事。
李世民道：杨文干狂妄叛逆，其幕府僚属若是不从其反，应已擒杀之矣。
若非如此，当遣将伐之。
高祖道：杨文干之事牵连建成，恐响应人数众多。
你须亲自前往平叛，归来时我当立你为太子。
我今老矣，不愿效隋文帝诛杀己子，以致父子相残。
届时可将建成降为