另立中枢军事机构的想法，便暂时压了下来。
邮传部发展起来后，朱允熥发现，将领们寄来金陵的信，其中有九成去了大明军事学院。
新军分配去各军的人，都有大明军事学院学习的经历。
原来的老将，也一批一批的进入，又一批一批的离开。
他们在大明军事学院还有同学，有老师，便有了大量书信往来。
见状，朱允熥干脆在大明军事学院设置了一个临时性军事研究机构。
名义上是对军队转型，双军事主官改制，以及新军建设，冷兵器换装热兵器等问题进行学术研究。
让军中将领向其汇报遇到的问题，该机构再进行研究，给予帮助与建议。
这样做的好处，一是将转型改制中遇到的问题和困难都弄清楚，搞明白。
将领们未必都会事无巨细的上奏朝廷，但对于能帮自己的出主意的“研究机构”，则多半会知无不谈，言无不尽。
其次则是趁此加强对军队的掌握和了解。
再则，军事机构的人员，并非朝廷的高官，而是“研究人员”，朱允熥可以随意安排。
不受军队爵位，军功，论资排辈等限制。
虽然表面上看起来，他们只是进行“学术研究”，给出的是帮助和建议，并不是下达命令，将领们完全可以不听。
然而，他们出的主意，往往非常有用，将领们也就会主动采纳其建议。
随着时间推移，后来再慢慢放出风声，该“研究机构”的由太孙殿下主管并亲自负责。
于是乎，这些并非正式命令的“帮助与建议”，一下子便有极为重要的份量，将领们不得不慎重考虑其提出的每一条建议。
某种意义上，这个军事研究机构，已经成了实质上的大明新军事指挥中枢。
曾经的“研究人员”，也摇身一晃，变为了对军队有着举足轻重影响力的“军师”。
虽然仍是无品无级，可有了这份资历，日后再安排职位，便十分方便了。