，江州刺史郭昶之在器具和兵力上资助他，他又逼迫被流放的安帝和自己一道向江陵逃去，冠军将军刘毅和辅国将军何无忌、振武将军刘道规率军追赶。
到了江陵，桓玄广泛招募士兵，并大造战船、器械，四月底，他又率领两万将士，挟持着安帝顺江而下开始反扑，在峥嵘洲（在今湖北鄂州境内的长江中）与刘毅的军队相遇。刘毅的军队乘风纵火，尽锐争先，桓玄大败，不得不烧了辎重连夜西逃。到了江陵，桓玄准备逃往西蜀，被益州督护冯迁杀死。刘毅把他的级传到京都，枭朱雀航（故址在今南京市镇淮桥稍东）。朱雀航又作“朱雀桥”“朱雀桁”，又称“南航”“大航”，跨秦淮河上，航长九十步，宽六丈，有警则撤航为备，是京都的城南门户。
直到次年正月，刘毅才攻破桓氏余党占据的江陵；到了五月，以桓振为的诸桓残余被彻底平定。
在刘毅等攻破桓氏余党占据的江陵时，安帝才上了刘道规的战船，然后下诏大赦，改元为义熙。
三月，安帝回到建康，以刘裕为侍中、车骑将军、都督中外诸军事，徐、青二州刺史如故，刘毅为左将军，何无忌为右将军、豫州刺史，刘道规为辅国将军、并州刺史。
为了表现一种姿态，刘裕固让不受职，似乎有一种不敢当的意思。
到了四月，刘裕还镇京口，朝廷改授他为都督荆、司等十六州诸军事，加领兖州刺史，朝政仍然掌握在他的手中。
五月，已经掌控朝政的刘裕派使者去长安（在今陕西西安），以向后秦求和为名，索要七年前因晋将归降后秦而失去的晋朝土地。后秦主姚兴畏惧他，就把南乡、新野等十二郡归还给了他。
朝廷封刘裕为豫章郡公，刘毅为南平郡公，何无忌为安成郡公。
义熙二年（公元4o6年），年已四十四岁的刘裕才有了自己的第一个儿子刘义符。
义熙四年，因司徒、录尚书、扬州刺史王谧薨，朝廷征刘裕入辅，任命他为侍中、车骑将军、开府仪同三司、录尚书、扬州刺史，徐州刺史如故。所谓朝廷，当然是被刘裕的亲信刘穆之等人掌控的朝廷。
也许是刘裕的女人开始多起来了，这一年他有了两个儿子：次子刘义真和第三子刘义隆。
义熙五年（公元4o9年）二月，建都广固（在今山东益都西北）的南燕主慕容嫌太乐伎人太少，就派兵侵犯晋淮北地区，俘获济南太守赵元等，掳掠千余家，然后挑选男女二千五百人给太乐教习。
刘裕正要做几件大事让世人瞧瞧，以确立自己在国家的威望，南燕主慕容为他提供了机会。
三月，刘裕力排众议上表北伐。
四月，大军从京都出，沿淮河进入泗水。
五月，大军到达下邳（在今江苏睢宁西北），留下船舰辎重，步行进入琅邪（在今山东胶南县西南）——这种远征的辛劳是自不待说的，所过要地都修筑城垒加以防守。
起初有人担心慕容会占据大峴（在今山东临朐东南，即穆陵关，是齐地天险），或坚壁清野，大军深入不仅将无功，甚至不能撤归。刘裕虽然没有什么文化，但他的识见却远过他人，他解释说：
“慕容生性贪婪，且无远虑，他最多