劝他尽诛天下沙门、毁掉佛像佛经；寇谦之力争，崔浩不听。于是拓跋焘下令先尽诛长安沙门，焚毁经、像，然后敕留台（即太子晃所居平城）宣告四方，令天下依长安法行事，同时下诏：
“昔汉代昏君，信惑邪伪以乱天常，自古九州之中，未尝有此。佛教夸诞大言，不合人情，昏君乱主，无不惑焉。由是政教不行，礼仪大坏，千里萧条，不见人迹。朕欲除伪定真，复圣主之治，自此荡除佛神，灭其踪迹。敢有事佛神及造形像泥人、铜人者，门诛！有非常之人，然后能行非常之事。非朕孰能去此历代之伪物！有司宣告州郡官长，诸有佛图形像及佛经，皆击破焚烧，沙门无少长皆坑杀。”
太子晃一向好佛法，闻之震惊，急谏刑杀沙门之滥，但拓跋焘不听。太子晃就延缓宣诏，以使远近沙门在得知消息后各自为计。这样，许多沙门才得以携带经、像藏匿免难，但魏境内所有塔、庙尽皆摧毁。
离开长安之后，拓跋焘又率军到达盩庢（今陕西周至），诛杀了大批与盖吴通谋的民众；到达陈仓（在今陕西宝鸡）后，又诛杀了曾经参与杀死魏散关氐守将的民众。不久，魏将乙拔等在杏城大破盖吴，盖吴处境艰难。盖吴于是派使者赵绾飞马南奔，向刘宋王庭求援，希望能和刘宋联合起来南北夹击魏人。
但此时刘义隆却未能出兵声援，因为他也遇到了麻烦。