过一番激烈的争斗之后，还是采纳了熊廷弼的建议，正式对李如桢进行了革职查办。
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【李如桢被革职后，在之后的时间里，仍然有言官，持续的对李如桢进行弹劾，欲要追究其罪责。
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【天启初年（1621），大明朝廷以“失陷封疆”
罪名将李如桢下狱，判处死刑，但因李成梁与如李如松之功等原因，并没有执行处砍。
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【直至崇祯四年（1631），大明王朝的崇祯皇帝，明思宗朱由检。
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【再次念及李成梁镇守辽东的功勋，以显示大明皇帝，对李氏家族的余荫仍存，特赦了李如桢死罪，改为充军配。
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【在李如桢被治罪召回京城之后，熊廷弼也开始了对辽东腐朽的门阀势力，进行全面的整肃。
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【熊廷弼先是清查辽东各地的军屯的账目，勒令辽东门阀豪强，退还非法占有的屯田，并恢复因战乱废弃的常平仓，短短几个月的时间，就囤积粮食数十万石。
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【熊廷弼的这一举措，直接切断了辽东地方门阀势力，通过土地兼并获取的经济命脉。
也激起了辽东门阀豪的强烈反对与抵抗。
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【但由于熊廷弼，此时手上有大明皇帝的尚方宝剑，又有李如桢被治罪的先例，那些在京城中与辽东门阀豪强，有利益勾连的官员，在这个时候，也只能忍着。
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【毕竟辽东这烂摊子，不是谁都敢去接的。
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【但这些，也成为了熊廷弼，在几个月后被二次被弹劾与调离辽东，所埋下的根源。
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【因为熊廷弼在接下的整治当中，不仅仅动了他们的利益，还想要毁了他们的根基。
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【他们此时的忍让，不过是全因辽东局势的动荡与不安所至。
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【只要辽东局势的局势能够稳定下来，即便没能收回之前丢失的地区，这个账，他们是迟早要找熊廷弼进行清算的。
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【在清查完被强占的军屯后，熊廷弼立即推行“以屯养军”
政策。
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【将部分屯田分配给普通士兵耕种，既缓解了粮饷短缺，又减少了军队对门阀的经济依赖，因此熊廷弼，得到了大量辽东军户与底层军官的拥戴。
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【在财政管理上，熊廷弼打破门阀对辽东贸易的垄断，重新整顿盐铁专卖，将利润收归官府。
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【并限制边境豪商与女真人进行所有私下交易，谁若走私，违令者，均以重罪处置。
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【熊廷弼的这些措施，在不断的削弱了辽东地方门阀，通过走私和贸易积累的财富，也动摇了他们长期掌控辽东地区的经济的根基。
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【这种仇恨，他们是看着的。
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【至于国家存亡之事，在他们眼里看来，不过是换了另一个人在当皇帝而已，但他们失去的利益，就是从他们口里扒下来的肥肉，他们能不记恨？】
【在辽东行政体系的问题上，熊廷弼通过巡按御史的职权，以奏书的形式，弹劾