在朱载坖的支持下，五军都督府这次要求重新再各都司卫所组建仓储，保证卫所士卒的军粮军饷，这确实一个很大的问题，因为再将卫所士卒的军粮军饷交给地方之后，卫所旗军的月粮及其他开支将由地方州县从仓库中支付。如若地方富足、仓库储备充裕，卫所旗军月粮等项，自会及时发放；但若地方贫穷、仓库入不敷出，卫所旗军月粮等项，就会推迟发放，甚至无粮发放。
但是对于这些卫所士卒们来说，这些月粮就是他们赖以为生的全部了，他们的军屯土地被侵夺，全部依靠这份月粮来生存，但是对于地方州县来说，他们又往往将卫所的军饷视为不急之务，拖欠、甚至于直接不给军饷都是很常见的事情，这就导致卫所和地方州县的矛盾越来越大，甚至因此发生哗变、暴乱的事情屡见不鲜。
隆庆六年安庆卫哗变就一个很典型的例子，当时的安庆卫指挥使张志学和安庆知府查志隆关系极差，结果安庆知府动用手中的权力暂停了安庆卫的军饷，这下就整出了大事了，这些丘八爷没有军饷，才不管你什么鸟知府不知府的。
据当时的奏报：“张志学遂与指挥马负图、张承祖率舍余马应举等，及家奴、屯卒四百余人，闭城大噪围府舍，欲杀志隆等。守备杨遇春不为禁，百姓汹汹。越三日，稍稍解散。南京兵部尚书王之诰等以闻乃遣官校逮志学等，而赦屯军胁从者。”
本来他们准备将此事完全推给张志学，但是在锦衣亲军讯问的过程中，发现了事情的真相，陆绎奏报给朱载坖，朱载坖命令将两人一并正法。
当时因为此事科道还纷纷上疏，要求严惩闹事的士卒，他们上疏称：“国家所恃以振刷天下者，独法也。法一废，则犯上作乱其势不可收拾，故渐弗可弗防也。顷安庆之变虽由官军挟愤而篾视法，则非一朝一夕之故矣。陛下鉴于往事敕下法司，将安庆官军尽法宄治，以明宪典，仍诫天下有违法猖乱者，所司即以实闻，勿泥激变。良民之律，相率欺蔽以隳国法。”
但是朱载坖认为像这种由于朝廷不给军饷而导致哗变，属于事出有因，不能够过于苛责，虽然也要惩处，以彰国法，但是大规模株连就不必了，所以并没有同意科道的意见的。
但是五军都督府指出，这种卫所旗军因月粮短缺，威逼州县官员，聚众暴乱，已经是屡见不鲜之事。当然户部也是有话说的，因为卫所的军粮军饷是属于地方留存部分的，但是对于地方州县来说，卫所的分布是不均的，有些地方可能一府也只有个别千户所，但是有些地方由于是军事要地，可能同时存在多个卫所，对于地方来说，相对压力就很大，而且地方之间的财力差距很大，如苏松等地就相对宽裕，而安庆显然是不如苏松的。
所以五军都督