现在关键的问题还是朝廷和地方的财政分配问题，朱载坖的看法很简单，地方财政要保证地方官府能够履行职能，但是不能够放任地方官府的做大，这点是很重要的，不管是朱载坖还是朝廷重臣们，对于此事都是极为防范的，地方势力不能做大，这点是很关键的事情，对于如何分配这些赋税，朱载坖认为还是要分类处理的。
对于一些经济实力雄厚，赋税数量很大的州府，朝廷肯定是要予以重点关注的，对于这些州县的赋税，朝廷要直接予以监管，保证朝廷的收入。
而对于普通的州县，则要制定相应的分配规则，对这些赋税予以分配，既要保证州县官府的正常运作，也要保证足额钱粮的起运，还有一些则是相对贫困的州县，朝廷为了保证州县官府的运作，肯定是要予以扶持的，为了支持这些落后州县的发展，朝廷甚至是要拨款予以扶持的。
朱载坖的这个分类处理的办法其实是得到了大家的赞同，因为现在闹得最厉害的，就是这些经济相对比较好的州县，因为他们可以从中获取大量的钱粮，所以他们的声音是最大的，这点朱载坖还是知道的。所以朱载坖首先要做的就是确定好这些州县的管理，朱载坖命令户部，将工商赋税预期很高的州府予以罗列，现在制定对于这些州府的管理办法，然后再处理其他的州县。
户部很快就向朱载坖奏报了这些州县的名单，分别是直隶应天府、天津府；山西太原府；山东济南府、德州；陕西西安府；四川成都府；湖广武昌府、长沙府；南直隶应天府、常州府、扬州府、淮安府、苏州府、松江府；浙江杭州府、嘉兴府、绍兴府、湖州府；福建福州府、台湾府；广东广州府、肇庆府；交趾交州府；云南云南府；贵州贵阳府，这些州府，要么是省会，要么是经济发达的地区，确实是要加以重点管理的地方。
对于这些地方的赋税，朝廷和地方实施动态分配，除了地方的开支之外，剩余的钱粮都要解运朝廷，由朝廷支配，当然了，既然朝廷从这些州府获得了相对多的赋税，对于这些州县的正印官，也要适当的给一些好处，除了应天府和顺天府已经是正三品衙门之外，对于其他的州府，正印官和佐贰官俱升半级，加俸一等，部分重要的城市，如苏州府、松江府、广州府、杭州府、天津府，知府升正三品，秩同布政使，以示朝廷对于这些州府的优待和重视。
当然这些州府的正印甚至佐贰官都是要经过吏部部选之后上奏内阁，然后经皇帝御批之后才能够任命的，属于地方官中的肥缺。
而对于一般的州府，则在核算之后留下部分赋税以供州县开支，剩余的也要解运朝廷，而对于相对贫困的州府，则是由朝廷予以资助，保证地方官府的正常运转，以这个作为基准，建立朝廷和地方的分税制度，同时除了州县之外