、王锡爵等为代表的东南官员还有福建、江西、广东官员们认为应该以学童的数量来确定录取生员的规模，这点是对于他们最有利的，因为这些地方本身就是大明文教盛行的地方，学童数量远远超过地方，教育的普及率也是最高的，在这种情况之下，这些地方的识字率和儿童入学率都是冠绝大明的，在这种情况之下，按照学童的人数确定生员的人数，显然是对于他们最有利的。
但是申时行等人的建议遭到了首辅张四维和一众北方官员的反对，他们认为这样是明白的偏袒东南等地的，他们主张按照人口多寡来确定生员的人数，这样的话其实对北方和西南等地有利的，因为这些地方的文教相对落后，识字率偏低，以总人口确定生员人数的话，对于这些地方的学童来说，无疑是有利的，对于东南来说，就相当于的平白增加难度，因为在同样的总人口下，东南数省的学童数量肯定是大大超过北方数省的，这就对于东南的学童来说不公平，所以申时行等人坚决反对此事。
现在双方为了此事在朝廷上争执不休，弹章纷纷，但是朱载坖却并没有发表意见，朱载坖在和太子商量此事，朱载坖问道：“太子怎么看此事的？”
太子当然知道也是大明南北之争的体现了，围绕着增加生员的问题，臣子们自然是争论不休的，现在重臣们争论焦点就是应该采取怎么样的方式增加生员的数量问题，朱翊釴认为，在这个问题要相对采取扶持北方的策略，从实际情况来说，现在大明确实是呈现科举南强北弱的局面，南直、浙江、江西、福建、广东等省份，在科举上的竞争力确实是要强于北方和西南各省的。
而且这些地方的学校教育和识字率也确实是强于其他省份的，要以学童数量来确定生员数量的话，对于其他省份是不公平的，所以朱翊釴的看法是还是要按照总人口来确定增加的生员的数目。
朱载坖于是问道：“这样做对东南学童就公平吗？”
这确实是个问题，朱载坖一再强调，朝廷处事，一定要公平，按照人口确定生员数量，看似是公平的，但是对于南方数省来说，尤其是对于南方的学童们来说，确实是不太公平的，这样就是使得南方和北方的学童其实是处于一种不公平的竞争状态，南方的学童们所面临的竞争是要远远大于北方的。
这似乎也是不公平的，朱载坖认为，朝廷总的方针确实是要扶持北方，按照总人口确定生员的数量，但是针对南方的实际情况，未必不能够予以加恩，特旨赐予南方各省一些生员名额，两边都需要照顾到，朱翊釴虽然锻炼了一段时间，但是这碗水毕竟还是浅了一点。