黄河非持久之水也，与江水异，每年发不过五六次，每次发不过三四日。故五六月，是其一鼓作气之时也，七月则再鼓再盛八月，则三鼓而竭且衰也。凡黄水消长，必有先几。如水先泡，则方盛。泡先水，则将衰。”
对于黄河水患的各种特点，万恭予以了详细阐述，同时工部尚书、总督河道潘季驯也详细向朱载坖阐述了治河的方略，河防的关键当然首先是堤坝了，而潘季驯从筑堤，守堤，护堤三个方面阐述了自己的观点，“从筑堤来说，凡筑堤坝，必择坚实好土，毋用浮杂泥沙，必干湿得宜。燥则每层需用水湿润。”对于堤坝的修建，不能用混有泥沙的土，土的干湿应该恰到好处，如果土太干则筑堤时应该在每层都洒适量的水;关于取土的地点则必须在离堤身数十步外平取，不能挖出深坑，否则会影响耕种，更不能在堤附近形成沟。同时由于现在水泥的出现，在一些重点地区，也要使用水泥予以加固。
守堤也是很关键的，潘季驯提出了实施风防、雨防、日防、夜防的四防措施和汛期防守、官民同守的二守制度，潘季驯在奏疏中说道：“河防在堤，而守堤在人，有堤不守，守堤无人，与无堤同矣。”要严密监察制度，同时保证大堤的守护。
而护堤则是要求防风固堤，扩大沿岸植被覆盖，潘季驯引述前任刘天和的护堤之法：“密栽芦苇和菱草一一将来衍茁愈番，即有风不能成浪，此护临水堤之要法也。”用卧柳、低柳、编柳、深柳、漫柳、高柳。前三种功效用来固堤护岸，后三种是在植树成活后，防风浪冲击，加固堤防。
除此之外，就是加强抢险，由于风浪起会加重水患，所以朝廷把秸秆、树枝、草篙之类捆成大捆，使之漂浮于风浪之上，从而减弱水势。这种方法可以就地选材，操作方便，并且效果甚佳，潘季驯认为这些物料要提前准备，同时各地方官府要和河道衙门一道，一旦发生水患，就要迅速采取行动，减少水灾带来的损失。
同时抢险的重点在于堵口，潘季驯认为：若上段决溢，然决口没有形成水患，可不必立即抢筑，等水势势缓再进行堵塞。若上段决溢，决口处水患形成，这时必需大力抢救，以防止河出故道造成灾患。潘季驯在奏疏中指出：“治河决必先疏支河以分水势，必塞始决之口，而下流自止。凡堵口，东西筑台，立表贯索，网联巨舰，穴而窒之，实以土，至决口去窒沉舰，压以大扫帚，合且复决，连昼夜不息，决即塞，缭以石堤，隐如长虹。”
在具体的处理办法上，先在决口处两边堵，以免决堤处扩大，若扩大则堵截使溢水回冲主河道，尽量做到决口处口小尾大，这样可防止滚失，尽量减小河患危害度。