喀尔喀蒙古和卫拉特的关系也是极差的，双方多次爆发冲突，从某种意义上说，喀尔喀蒙古对于卫拉特部的打击是很大的，其中最主要的威胁来自喀尔喀蒙古土谢图汗部的阿巴泰汗与和托辉部的硕垒乌巴什洪台吉。击败卫拉特后，阿巴泰汗“派遣自己的儿子速兀泰前去做卫拉特的汗”。在隆庆二十一年的时候，阿巴泰汗击败卫拉特，不过很快卫拉特人袭杀速兀泰，摆脱了土谢图汗部的控制。
卫拉特人虽然杀死了速兀泰，但仍然面临着来自喀尔喀的威胁。继阿巴泰汗之后控制卫拉特部的，是喀尔喀和托辉特部。和托辉特部隶属于喀尔喀札萨克图汗部，位于喀尔喀西部，紧邻卫拉特四部，他们对于卫拉特部的威胁是最大的。从朱载坖现在所掌握的情况来说，卫拉特部受到了来自外部的巨大威胁，俺答汗等东蒙古王公多次征伐卫拉特。在俺答汗之后，卫拉特又受到了来自喀尔喀的威胁，并在喀尔喀的军事打击下，被迫向喀尔喀纳贡输赋。对于卫拉特蒙古来说，现在的日子实在算不上好过。
不过从另外一个方面来看，即便是面对土默特和喀尔喀两个蒙古强部的进攻，卫拉特蒙古还是能够游刃有余的应对，足见卫拉特蒙古的战斗力还是非常之不错的，而和硕特部作为卫拉特蒙古中的首领部落，其实力肯也是非常之强劲的，这点是毋庸置疑的，李成梁能否率军击败和硕特部并且将和硕特部的逐出乌鲁木齐，朱载坖没有绝对的把握。
李成梁当然是极为有信心的，他认为现在和硕特部是主少国疑的时候，现在和硕特部之主图鲁拜琥不过是个小孩子，对于部落的控制有限，而且和硕特部恐怕也很很难短时间内向其余三部求援，所以现在是最好的机会，一旦蒙古人感受到大明的威胁之后，和硕特部可能会向其他三部求援，到时候为了这片水草丰美的住牧地，其余三部也不会袖手旁观的，到时候如果卫拉特四部之兵都聚集在乌鲁木齐地区的话，官军的作战难度更大。
而且李成梁和吴兑认为，夺取了乌鲁木齐并且在此处屯垦，才能够和哈密一道为西征大军提供粮秣，夺取乌鲁木齐才能够安顿朝廷迁移来的军户，并且在这里屯垦安定下来，乌鲁木齐的地位是极为重要的，整个西域的地形呈“三山夹两盆”，天山山脉横亘中央，将全区分为南北两部分。
而乌鲁木齐恰好位于天山中段北麓，地处准噶尔盆地南缘，是连接北疆草原与南疆绿洲的天然节点。从这里出发，向东可通哈密、河西走廊，向西能达伊犁河谷，向南经托克逊穿越天山可达库尔勒、喀什，向北则直抵阿勒泰。这种“居中四达”的区位，是朝廷控扼整个西域所需要的。
乌鲁木齐作为天山北麓的军事重镇，既能威慑蒙古诸部，又可驰援伊犁、塔城等边境要塞。其内稳外防的天然属性，是西域其他地方所不能比拟的，这点不仅仅朱载坖很清楚，