李成梁和吴兑处理。
而就在这个时候，直隶巡按御史任养心上疏弹劾李如松等人，他在奏疏中说道：“李氏兵权太盛。姻亲厮养分操兵柄，环神京数千里，纵横盘踞，不可动摇。如松贪淫，跋扈尤甚。不早为计，恐生他变。”他认为李氏父子兵权太重，不利于朝廷，同时李如松嚣张跋扈，不能够再让其在京畿重地担任军职，请求朱载坖将其予以罢斥，对于他的上疏，朱载坖予以留中，但是同时也敲打了李如松。
但是科道对此也开始重视起来，兵科给事中黄道瞻多次进言，认为李成梁、李如松父子不应一同掌理重镇，申时行也以密疏向朱载坖建议要朱载坖保全李氏父子，意思已经是非常之明确的，就是希望朱载坖将李如松予以撤换，不能让李氏父子同时担任大将，朱载坖之前就考虑过此事，正是因为如此，朱载坖才将李如松从京卫都指挥使的职务上予以撤换，毕竟京卫指挥使执掌亲军诸卫，有宿卫之责，朱载坖再信任李如松，也不能这么干，所以才将李如松和张元功对调，张元功毕竟是英国公，和皇室的关系特殊，而且重臣们也很信任他。
但是现在科道对于李如松仍旧在外掌兵也提出了异议，朱载坖于是召见了首辅申时行，朱载坖问道：“元辅密疏说朕要保全李氏父子，应该怎么保全啊？”
申时行对朱载坖说道：“陛下，襄公眼下为大明征讨西域，岂可复令其子临边鄙之地，当胡虏之锋，伏请陛下善加保全，召置五府，以全君臣之谊也。”
朱载坖闻言之后只是笑笑，他当然明白申时行是什么意思，就是对于李氏父子同时出镇地方的担忧，李成梁现在拜征西大将军，统帅官军在西域作战，而李如松又提督蓟镇大宁军务，如果李如松是一个谦逊低调的人，也许科道的反应不会这么大，但是这个世家子弟，脾气自然是不好的，和督抚的关系极为不好，对于巡按等官员，更是根本不鸟，这就使得弹劾他的人本来就不少。
再加上李成梁现在身负重任，这些科道官员们很清楚再这个时候去弹劾李成梁这样的在前线作战大将，以朱载坖的性格是必然要收拾他们的，不能弹劾李成梁，那他们就拿李如松开刀，弹劾李如松，申时行当然也明白科道官员们的意思，他很清楚这些科道官员的意图，同时为了不再次激化皇帝和科道的关系，申时行以保全李氏父子为由，请求将李如松调到五军都督府暂时搁置起来，同时放到京师让他冷静一下，免得他太张狂，引起科道的注意，这也是申时行好不容易想出的和稀泥的办法。