既负责河道治理又负责漕运事务，同时还提督军务，还有权力弹劾沿河所经的河北、山东、河南、江苏四省的不称职地方官。
可谓是集治理河漕的军政财权于一身。
设立此官职后。
朝廷百官因河漕总督的人选吵得不可开交。
河漕总督，属于技术类官员，必须要懂得治河，非一般官员能够胜任。
当时的候选人有三个。
分别是：河道总督、河道都御史傅希挚、漕运总督吴桂芳，以及曾有过两次治河经验的江西巡抚潘季驯。
三人的治河理念分歧非常大。
傅希挚主张以堵为主，不挖掘新河，优先保障漕运畅通，其次才是解决黄河水患。
此方案的优势是耗钱少，较为灵活，能有效保障漕运正常，但属于小修小补，解决不了根本问题。
吴桂芳主张恢复黄河故道，在入海口进行疏浚，强调疏导与蓄水的结合。
此方案耗钱高于傅希挚，工程主要集中于黄河的中下游，可暂时解决一些问题。
而潘季驯提出“束水攻沙，以清刷黄”之策，强调建堤坝、控制水速，统一干流，使得河漕稳定。
此方案工程规模大、材料成本高、执行难度也大，短期劳民伤财，长期的效果也难以保障。
毕竟，黄河泛滥千年，谁也摸不准黄河的脾气！
最后，经过廷议。
张居正选择了吴桂芳的方案，令其担任河漕总督。
而今，吴桂芳突然去世，朝廷在新的河漕总督人选上顿时犯了难。
吴桂芳下面的一众河道官、漕运官都难以服众，而其他岗位懂得治河的，又与吴桂芳的治河理念不同。
并且，因去年那场官员治河之策的讨论，分歧过大。
一些治河官员被伤了心，朝廷若强派他们，他们可能宁愿请辞也不愿去治河。
治河，向来都是个吃力不讨好的苦差事。