与此同时，宜川王左挂、洛川张存孟、延川王和尚、汉南王大梁等人纷纷响应，起义之火迅速蔓延。张献忠起初依附王嘉胤，后来自成一军，转战四川，攻城略地；李自成亦投奔高迎祥麾下，成为义军核心力量。
起义的战火迅速从陕西蔓延到中原各地，山西、河南、四川、湖北、湖南、江西、安徽等省都出现了起义军的身影。这些起义军在各省流动作战，被朝廷称为“流寇”。他们的势力越来越大，朝廷越是围剿，起义军反而越多，犹如野草般烧不尽、吹又生。
另一边，在辽东前线，龙小羽任命孙承宗为辽东督师，镇守宁远，以抵御努尔哈赤的攻势。努尔哈赤势如破竹，先后攻占沈阳等辽东重镇，并定都于此。八年后的昭熙十三年正月，努尔哈赤亲率大军攻打宁远，孙承宗凭借坚固城防与西洋火炮死守，努尔哈赤久攻不下，只得撤兵，转而攻占觉华岛泄愤。同年八月十一日，努尔哈赤病逝于沈阳四十里外的叆鸡堡，终年六十八岁。其子皇太极继位后，继续对大乾发动攻势，辽东战事陷入长期拉锯。