内廷第一的存在，其职责回到了明初的状态，吴长喜被任命为司礼监掌印太监，内廷大总管。
其职业最主要的职责，如同字面上的意思，就是为皇帝保管御玺，其次就是照顾皇帝的日常起居和传达皇帝命令，以及管理内廷。
锦衣卫指挥使依旧是李若琏，除了表面上的工作之外，现在被赋予更多的是暗地里的情报力量，为皇帝搜罗各地有用的信息，并将官员勋贵的不法行为记录成册。
至于六部之下的中央机构，朱慈烺还有立新的想法，比如设立治安维稳部门、海关部门、专管经济、农业、教育的部门等等。
对于地方的治理，朱慈烺打算进行大的改革，洪武九年，大明改行省为承宣布政使司，承宣布政使司下设府和直隶州。
府以下有县和属州，各直隶州以下有县，形成了一个省府州县四级制与省州县三级制并存的大体格局。
后分设都指挥使司、承宣布政使司、提刑按察使司三司，分掌各省军、司法权力，后逐渐被巡抚制度代替，巡抚常常成为各省权力统一的最高长官。
这种制度虽避免了地方割据，但三司平级且互不统属，遇重大事务需协商上报，导致决策迟缓，事情上推诿扯皮贻误战机?，难以有效整合资源。
所以只能依赖中央派遣巡抚、总督等临时官员进行协调统筹，大明中后期之后，总督和巡抚已经成为常设官职，三司制度名存实亡。
但依旧执政效率低下，乡间田野完全由乡绅掌控，基层百姓很难知道朝廷的旨意，这就是所谓的皇权不下县的由来。
朱慈烺打算彻底结束这个局面，首先将地方行政和军权彻底剥离，然后按照后世的省、市、县、镇、村进行划分，确保中央的政令能到达最基层。
这只是基本构想，朱慈烺打算在形势稳定下来之后，在同内阁商议地方的行政体制改革计划，然后选出试点的省份。
朱慈烺登基第二天，便公开了早已制定好的内阁、军机处和六部的人员名单，顿时引起朝野哗然，原本在山东的北阁，竟然只有方岳贡一人入阁。
黎玉田和王永吉，从山海关跟随太子一路到山东，竟然被排除在内阁智之外，是很多人万万没有想到。
真正的原因，其实只有朱慈烺知道，两人能力虽然不错，但在原本历史却是投降了清廷，并为其效力，后来被乾隆列入了贰臣传之中。
而南阁的史可法、高宏图、姜曰广、袁继咸等人，却是在原本历史上殉节尽忠之人，朱慈烺虽然不会追究上个时空的事。
但内阁作为大明的最高行政机关，除了能力之外，其成员操守也非常重要，能为国家舍生取义，至生死于度外之人才有资格做内阁成员。