生以害仁，有杀身以成仁\"。
有个叫廖镛的年轻官员，是开国功臣廖永忠的孙子，也是方孝孺的学生。他被押到刑场时，还抱着一本方孝孺批注的《孟子》。临刑前，他对着方孝孺的方向磕了三个头，说：\"先生，学生不能陪您读圣贤书了。\"
最让人揪心的是方孝孺的女儿们。两个十来岁的小姑娘被押到秦淮河畔，船刚到江心，她们就抱着一块石头跳了下去。岸上的百姓听见她们喊：\"爹爹说过，宁为玉碎，不为瓦全！\"后来有人在河边捡到她们的绣花鞋，鞋面上绣着的莲花，被水泡得发胀，像一朵朵流泪的眼睛。
《明史·方孝孺传》记载，这次惨案总共杀了八百七十三人，从四月一直杀到六月。有个叫王稌（tu）的秀才，是方孝孺的朋友，本来不在十族之列，却主动跑到刑场说：\"我和方先生是知己，要死就一起死。\"他还说：\"能和先生同赴黄泉，是我的福气。\"
方孝孺被处决的那天，南京城飘着细雨。他穿着一件旧布袍，步履蹒跚地走向刑场，头发已经全白了。路过聚宝门时，他停下来，望着皇宫的方向，吟诵起自己写的诗：\"天降乱离兮孰知其由，奸臣得计兮谋国用猷（you，计谋）。忠臣发愤兮血泪交流，以此殉君兮抑又何求？\"
刽子手让他跪下，他不肯，被人强行按在地上。临刑前，他对监刑的纪纲说：\"我有个请求，让我给建文帝磕个头。\"纪纲犹豫了一下，还是答应了。方孝孺朝着皇宫的方向磕了三个头，然后挺直腰板：\"动手吧。\"
传说方孝孺被腰斩（从腰部斩断）后，还没死透，用手指在地上写了十二个\"篡\"字，血写完了，才咽下最后一口气。
就在方孝孺赴死的同时，南京城里还有许多建文旧臣在进行最后的抗争。兵部尚书铁铉被押到朱棣面前时，始终背对着他，骂不绝口。朱棣让人割掉他的耳朵、鼻子，煮熟了塞进他嘴里，问他\"香不香\"，铁铉说：\"忠臣的肉，怎么会不香？\"最后铁铉被凌迟处死，据说他的骨架被放进油锅里炸时，还保持着站立的姿势。
太常寺卿黄子澄被逮捕后，朱棣亲自审问他：\"当年是你劝建文帝削藩，才闹到今天这个地步，你后悔吗？\"黄子澄说：\"我只后悔没能早点除掉你这个乱臣贼子！\"他被砍了双手双脚，还让人抬着在南京街头示众，最后活活疼死。
大理寺少卿胡闰（的死更惨。朱棣恨他在奏折里骂自己\"燕贼\"，让人把他的皮剥下来，填上稻草，挂在午门楼上。有天夜里，看守城楼的士兵说，看见胡闰的皮人动了一下，好像在流泪。后来刮大风，皮人被吹落到地上，百姓偷偷把它埋了，还在坟头种了棵柏树。
这些惨烈的故事，很快就在南京城流传开来。有个开茶馆的老板，把方孝孺的事迹编成评话，每天晚上在茶馆里讲，听的人常常泣不成声。锦衣卫听说后，把老板抓去打了四十板子，可他伤好后，还是接着讲，说：\"我就是想让后人知道，咱们大明朝还有这样的硬骨头。\"
城外的报恩寺里，有个老和尚原来是建文朝的御史，靖难之役后就剃度出了家。他偷偷在禅房里画了一幅《忠臣图》，上面画着方孝孺、铁铉等二十四个人，每个人的脸上都带着刚毅的神情。有天朱棣派人来烧香，老和尚赶