把扇子，扇子里藏着两把锋利的匕首。武宗这才吓醒：“这奴才果然想反！”当即下令把刘瑾关起来。
审判刘瑾那天，朝堂上炸开了锅。被他迫害过的大臣纷纷站出来控诉，从贪赃枉法到滥杀无辜，一共数出了三十多条大罪。最后武宗下旨：“刘瑾凌迟处死，三日枭（xiāo）首（砍下头颅示众）。”
凌迟那天，北京西市挤满了人，都是被刘瑾害过的百姓。刽子手按照规矩，一共割了三千三百五十七刀，第一天割了三百多刀，刘瑾还能说话，对着人群骂骂咧咧；第二天就只剩一口气了；第三天头被砍下来挂在城楼上，百姓纷纷拿石头砸，把尸体都踩成了肉泥。有人还花钱买他的肉，说是“解恨”。
刘瑾死后，内行厂被撤销，东西厂的权力也被削弱。大臣们以为这下能喘口气了，可武宗还是老样子，整天在豹房玩乐，朝政又落到了江彬等武夫手里。就像杨一清说的：“刘瑾是除了，可陛下心里的‘贪玩’还在，只要这根根还在，就还会有第二个、第三个刘瑾。”