>在民族关系上，清廷推行“修其教不易其俗，齐其政不易其宜”的政策，尊重维吾尔族的宗教信仰和生活习俗，同时严禁宗教干预政治。乾隆帝在《御制回部总叙》中强调：“朕统御万邦，一视同仁，回部虽殊俗，然皆朕赤子，必使各得其所。”这种相对包容的政策，在一定时期内缓和了民族矛盾。
当然，平定叛乱的过程中也伴随着残酷的杀戮。据《西域闻见录》记载，清军在追击叛军时，曾“屠其城，焚其庐”，造成不少无辜百姓伤亡。但从历史全局看，这场战争粉碎了分裂势力的图谋，使新疆地区保持了近百年的稳定，为近代中国西北疆域的奠定作出了重要贡献。