：京畿腹地竟能发生教众攻入皇宫之事，说明“康乾盛世”的荣光早已褪色；八旗、绿营的腐朽在战斗中尽显，若非旻宁临危开枪，后果不堪设想；而太监作为内应，更凸显了宫廷管理的混乱。
嘉庆帝在事后反思：“贼匪不过数十人，竟能直犯禁城，皆因守御懈怠，官吏无能。”（《清仁宗实录》卷二百七十四）他下令加强京城防卫，整顿吏治，但积弊已深——官员依旧贪腐，百姓依旧困苦，正如魏源在《圣武记》中所言：“林清之变，非独教匪之悍，实由国势之衰也。”
林清之变虽未动摇清朝统治根基，却成为王朝由衰转危的标志性事件。民间将其与白莲教起义并称为“乾嘉之乱”，视作“天变”的预兆。那枚留在隆宗门匾额上的箭镞，被嘉庆帝下令“永不拔除”，以“警示后世子孙，勿忘此奇耻大辱”（《清宫述闻》）。
此次事件也深刻影响了统治阶层的心态。皇次子旻宁因平乱有功，声望大增，为后来继位积累了资本；而嘉庆帝则变得更加保守多疑，“屡下谕旨禁绝邪教，严查民间结社”，却未能触及民生疾苦的根源。正如史学家萧一山所言：“林清之变，如同一记警钟，敲醒了清廷的迷梦，但统治者只知堵截，不知疏导，终致危机愈深。”