基数月后，大臣们开始商议册立皇后之事。此时霍光的小女儿霍成君已入宫为婕妤，霍光身为权臣，掌控朝政十余年，满朝文武皆揣度其心意，纷纷上奏“请立霍婕妤为皇后”。朝堂之上，大臣们的呼声一边倒，刘询却始终沉默——他望着阶下的文武百官，想起尚冠里的清贫岁月，想起许平君灯下缝补的身影，心中已有了决断。
几日后，刘询下了一道看似无关紧要的诏书：“朕微时曾有一把旧剑，如今不知流落何方，众卿可帮朕寻回？”（《汉书·外戚传》载“上乃诏求微时故剑”）大臣们初时不解，细思之下才恍然大悟——“旧剑”喻指“旧妻”，帝王虽登至尊之位，却仍念及民间糟糠之妻，不愿舍弃。
这道“求故剑”的诏书，暗藏着刘询的坚持。大臣们深知霍光权势滔天，不敢得罪，却也敬佩帝王的重情重义，更不敢公然违背君意。很快，丞相杨敞带头上奏，请求册立许平君为皇后，其他大臣纷纷附和。霍光虽心中不满，却也因刘询此举合情合理，无法反驳，只得默许。
本始二年（前72年）正月，刘询正式册立许平君为皇后，按照汉朝惯例，皇后之父应被封侯。可霍光却以许广汉“受宫刑，非正常人”为由，反对封其为侯，刘询虽为帝王，却受制于霍光，只得先封许广汉为昌成君，待日后再作打算。许平君对此毫不在意，她对刘询说：“我不在乎父亲是否封侯，只愿我们母子能常伴你左右。”
成为皇后的许平君，并未因身份的提升而变得骄纵。她依旧保持着民间生活的简朴，后宫用度皆从简，对宫中嫔妃、宫人也多有体恤——有宫女犯错，她从不苛责，而是问清缘由后从轻发落；嫔妃生病，她会亲自前去探望，送去汤药。后宫在她的治理下，秩序井然，无争宠构陷之事，刘询得以专心处理朝政，对她愈发敬重与疼爱。
许平君的皇后之位，成了霍光之妻霍显的心头刺。霍显一心想让女儿霍成君成为皇后，见许平君深得刘询宠爱，又在后宫中威望日高，心中妒恨渐生，竟生出了毒杀许平君的歹念。
本始三年（前71年），许平君再次怀孕，足月后生下一名公主。产后的许平君身体虚弱，需要太医调理。霍显得知后，找到了与自己素有往来的女医淳于衍——淳于衍的丈夫是掖庭户卫，一直想调任安池监，霍显便以此为诱饵，对淳于衍说：“你的丈夫本就应当担任安池监这一官职，凭他的能力完全能得到这个职位。我听说凡是有妇女在生产或哺乳期间患病，只要三天内病情发作，在药里加进附子，病人吃了马上就会死亡，而且没人会知道其中的缘故。现在皇后即将分娩，可以趁机在她的药里下毒除掉她。如果能得到您的帮助，事情成功以后，荣华富贵我会和你一同分享。”
淳于衍初时惊惧，深知毒杀皇后是灭族之罪，可又抵不住霍显的威逼利诱——霍显不仅承诺帮她丈夫调任，还以“若不从，君一家性命难保”相威胁。最终，淳于衍答应了霍显的要求，将附子研磨成粉，藏在药中。
许平君服用汤药后，很快便出现不适，她虚弱地对身边的宫女说：“我头好晕，药中莫非有毒？”话音刚落，便气绝身亡，年仅21岁。
许平君突然离世，刘询悲痛欲绝，他看着妻子冰冷的遗体，心中疑窦丛生——许平君产后虽虚弱，却无大病，怎会服药后突然暴毙？他当即下令将