奴进攻河东，马腾曾派儿子马超率军协助钟繇击败郭援，为曹操平定北方立下战功。
建安十三年（208年），马腾在曹操的征召下，正式放弃割据，入朝担任卫尉一职，其家属也被迁往邺城居住。
卫尉是负责宫廷护卫的高官，看似位高权重，实则处于曹操的监视之下。
马腾做出这一抉择，或许是希望以自己的妥协换取家族的安全，或许是真心希望回归中央体系，却未能预料到乱世之中，政治妥协往往难以换来和平。
马腾入朝后，其子马超接管了他在凉州的军队。
马超性格勇猛但刚愎自用，对曹操控制朝廷的局面极为不满。
建安十六年（211年），曹操派钟繇、夏侯渊率军西征张鲁，马超误以为曹操意在吞并凉州，遂联合韩遂等人起兵反曹，号称“关中十将”，屯兵潼关，与曹操大军对峙。
马超的起兵彻底打破了马腾与曹操之间的脆弱平衡。
曹操震怒之下，将留在邺城的马腾及其家属全部逮捕。
建安十七年（212年），马超兵败后逃往凉州，曹操遂下令诛杀马腾及其儿子马休、马铁等家族成员，一代凉州雄杰最终落得身首异处的结局。
马腾的悲剧，既是汉末群雄争霸的牺牲品，也反映了地方势力与中央政权难以调和的矛盾——他试图在割据与归附之间寻找平衡，却最终被时代洪流推向了毁灭。
马腾虽死，但他创立的西凉马家并未就此沉寂。
其子马超在他死后继续抗争，一度攻占凉州，后因内部叛乱投奔张鲁，最终归附刘备，成为蜀汉的重要将领，位列“五虎上将”之一。
马超的勇武继承了马腾的军事基因，而他的悲剧命运也延续了家族的悲情色彩。
马腾的忠义之名对后世影响深远。
尽管他曾割据一方，甚至一度与朝廷对抗，但在传统史观中，他始终被视为“忠臣”。
这不仅因为他最终选择归附中央，更因为他的家族三代都以“忠汉”为旗帜。
马超归附刘备后，继续以兴复汉室为己任，这种忠义传统正是由马腾奠定的。
晋代史学家陈寿在《三国志》中评价马腾“讨贼有功，名重西州”，肯定了他在平定凉州叛乱中的功绩。
马腾对凉州地区的开发与稳定也做出了重要贡献。
在他割据凉州期间，重视发展生产，安抚各族民众，促进了汉羌文化的融合。
他的统治使得凉州在汉末乱世中保持了相对的稳定，成为中原战乱时的一方避难所。
许多中原士人逃往凉州，带来了先进的文化与技术，推动了凉州地区的发展。
从历史影响来看，马腾所代表的凉州势力在汉末三国的格局中扮演了关键角色。
凉州骑兵以勇猛善战闻名，“西凉铁骑”成为当时最精锐的部队之一，对曹操、刘备等诸侯的军事力量都产生了重要影响。
马腾与韩遂等人的割据，延缓了曹操统一北方的进程，为刘备在西南的崛起创造了条件，客观上促成了三国鼎立的局面。
在后世的文学作品与民间传说中，马腾的形象逐渐被赋予了更多的传奇色彩。
罗贯中在《三国演义》中，将马腾塑造为一位忠君爱国、义薄云天的将领。