却缺乏卢植的战略眼光与治军能力，上任后盲目冒进，导致汉军大败，黄巾军趁机突围，冀州战局陷入混乱。
直到后来皇甫嵩接替董卓，沿用卢植此前制定的策略，才最终平定了冀州的黄巾之乱。
而卢植虽因谗言蒙冤，但他在平定黄巾之乱中展现出的军事智慧与刚正品格，却赢得了朝野上下的广泛赞誉，也让世人看到了“儒将”的真正风采——既有文人的风骨，又有武将的谋略。
卢植被召回洛阳后，幸得朝中大臣皇甫嵩、王允等人的力保，才免于死罪，改判“减死罪一等”，贬为庶民。
但他并未因此心灰意冷，而是回到家乡涿郡，继续以讲学为生，等待为国效力的时机。
公元189年，汉灵帝驾崩，少帝刘辩即位，外戚何进辅政，东汉朝廷的政治斗争再次升级。
何进为铲除宦官势力，暗中召董卓率军进京。
卢植得知此事后，立即从涿郡赶赴洛阳，当面劝谏何进：“董卓为人残暴，野心勃勃，若召其进京，必为祸乱之源，不如早日打消此念。”
然而，何进刚愎自用，不听卢植的劝告，坚持召董卓入京。
不久后，何进被宦官杀害，董卓趁机率军进入洛阳，控制了朝政，开始了“废立皇帝、屠戮百姓”的独裁统治。
董卓掌权后，为巩固自己的地位，决定废黜少帝刘辩，改立陈留王刘协（即汉献帝）。
他在朝堂上召集文武百官，宣布自己的决定，满朝文武皆因畏惧董卓的权势而不敢反对，唯有卢植挺身而出，厉声说道：“昔太甲既立不明，伊尹放之桐宫；昌邑王嗣位，淫乱无度，霍光废之。今上富于春秋，行未有失，非前事之比也。”
卢植的话，既引用儒家经典中的“伊尹放太甲”“霍光废昌邑王”典故，说明废立皇帝需有正当理由，又直接指出少帝并无过错，董卓的行为不合礼法，堪称“冒天下之大不韪”。
董卓见卢植竟敢当众反对自己，勃然大怒，当即下令将卢植处死。
幸得侍中蔡邕（蔡文姬之父）与议郎彭伯求情，蔡邕对董卓说：“卢尚书海内大儒，人之望也。今先害之，天下震怖。”
董卓虽残暴，但也深知卢植的声望，若将其杀害，必失天下民心，于是便赦免了卢植，将其贬为庶民，勒令其离开洛阳。
卢植深知洛阳已是是非之地，若继续停留，必遭董卓迫害。
他在被贬后，并未回到家乡涿郡，而是选择前往幽州（今河北北部、辽宁南部一带）隐居。
当时的幽州，虽远离洛阳的政治旋涡，但也已陷入军阀割据的混乱之中——公孙瓒（卢植的弟子）与袁绍正在争夺幽州的控制权，百姓流离失所。
卢植在隐居期间，并未置身事外，而是时常向当地官员提出“安抚百姓、稳定秩序”的建议，力所能及地帮助流离失所的百姓，展现出儒家“达则兼济天下，穷则独善其身”的处世之道。
公元192年，董卓被王允、吕布诛杀，东汉朝廷暂时恢复了表面的稳定。
汉献帝念及卢植的忠诚与功绩，下令征召卢植回京，任命其为尚书。
此时的卢植已年近花甲，身体日渐衰弱，但他仍以国事为重，毅然回到洛阳任职。
在担任尚书期间，卢植多次向汉献帝提出改革