于是自取笔墨，修书放于几上，伏几而眠。
侍中郎王用相来拜，因素与诸葛长民相厚，家人并不阻拦，直入书房。
因见诸葛长民睡着，臂下压着书信，轻轻抽出，快阅毕，便知其异志。
于是藏书于袖中，高声叫道：胸怀如此大事，亏兄尚还睡得着！
诸葛长民猛醒，遍寻不见其书，魂不附体。
王用相由袖中抽出半截：兄是否寻找此物？公欲谋叛刘公，我当出，不致为你连累。
诸葛长民急忙下拜，涕泣交流：公若如此，我宗族亲戚尽皆休矣！
王用相急忙伸手扶起：某恨刘裕久矣，既兄有图谋之意，正当出手助之。
今有我好友将军吴兰，曾誓同生死，且手中有兵数千，亦不忿刘裕专权，可与其谋之。
诸葛长民喜道：若公愿相助，则我大事成矣。
校尉程辑及议郎黄顾乃我心腹，因恨刘裕杀刘毅，心中怀恨，必能顺我讨贼。
于是遣仆去请二人，王用相亦亲出门，请吴兰复至诸葛私宅。
当下五人聚齐，相说共诛刘裕之事，因皆刘毅余党，自然一拍即合。
诸葛长民遂于后堂摆宴，五人歃血为盟，相约待刘裕自西川凯旋回京，先伏一千精兵于新亭谷中，复在亭中摆设酒宴为刘裕接程，待将其劝醉，招引伏兵四出杀之。
商议已定，各人散归己府，分别安排去讫。
刘裕班师返回建康，因命辎重同回，故拖慢进度，至约定日期未归。
诸葛长民与百官多日在新亭守迎刘裕到来，久候不至，不得要领。
未料刘裕于途中已略闻诸葛长民预谋风声，早已自乘小船，潜入建康城中。
三月丙寅日，诸葛长民知刘裕已归建康，惊惧欲死，只得强忍着装作若无其事，以僚属旧部之礼到东府前来参拜。
刘裕命壮士丁旿暗伏帐后，于正堂接见诸葛长民。
二人见面之后，笑谈犹如平日，诸葛长民亦便放下戒备之心，畅谈玄虚之论。
刘裕闻其高论，时复大笑，忽佯作喷茶，失手碎盏。
丁旿闻摔杯之号，遂自帐后走出，用铁杖击杀诸葛长民。
刘裕命将其尸体送到廷尉，并擒吴兰、王用相等，令有司审明其罪。
廷尉鞠审明白回报，刘裕立命杀其五人族众，死者五百余口，京城内外之民无不嗟叹。
诸葛长民大弟诸葛黎民平素骁勇，因拒捕格斗而死，幼弟大司马参军诸葛幼民逃到深山，被人告抓回斩杀。
诸葛氏被诛，建康军民皆感释怀，奔走相告，不怨刘裕，反更恨其全家被诛杀太迟。
并皆相勉谓道：勿跋扈，付丁旿。
当时司马休之镇守江陵，甚得江汉民心。
其子谯王司马文思留居建康，性情凶狠残暴，喜结交江湖侠士，太尉刘裕厌之。
三月有司上报朝廷，司马文思擅自打死封国官吏。
朝廷诏杀其手下差役，独赦司马文思不究。
司马休之上疏奏请处罚，自承罪过，并求解职，朝廷不许。
刘裕遂擒司马文思送给司马休之，命其训戒惩罚，实欲令其自己杀之。
司马休之不舍，只上表请求废黜司马文思爵位，并寄书于刘裕陈说