复渡河南下围攻郑州。
昭义军节度监军雷殷符率军设伏，迎战王仙芝于中牟。
王仙芝因轻敌战败，其后复又南下，与黄巢蚁聚在邓、汝之间。
当时关东各州县大多畏惧义军，都坚守城池按兵不动，以图自保。
因此农民军得以纵兵四略，王仙芝并率一部义军趁机南下。
乾符三年十月，王仙芝攻打唐州、邓州不下，次月引军而去，继续南进，一举攻占郢州、复州，十二月攻陷随州。
王仙芝所过之处大肆烧杀抢掠，相比匪盗尤其狠毒，一路之上杀戮净尽，几乎不见活人。
复说黄巢，自率另一支义军，东进淮南。
于是相继进入申州、光州，复又攻打隋州，擒其刺史。
其后便以安州为据点，分奇兵包围舒州，攻打庐、寿二州。
又转向东南逼近扬州，声震淮南。
蕲州刺史裴倔不敢抵抗，开城迎降。
只用半年时间，两路义军在江淮河汉之间流动作战，官军顾此失彼，使义军迅展到三十万人。
平卢节度使宋威老迈昏庸，不能打仗，兼有夺帅之恨，便与招讨副使曾元裕暗自商议，各自保存实力留敌自重，并不寻敌交战，待贼兵一走便即撤军。
皇帝闻知大怒，便下诏令：以忠武军节度使崔安潜为行营都统，以前任鸿胪卿李琢代替宋威，以右威卫上将军张自勉代替曾元裕，领兵平叛。
此番官军皆换血更帅，皆是能征惯战之将。
王仙芝连战连败，数战下来，身侧只余五千部众。
于是顿觉恐慌，便找来降将汝州刺史王镣，与其商议接受朝廷招安。
王镣乃是宰相王铎从弟，依仗其兄名望权位，遂与蕲州刺史裴偓商议，联名为王仙芝写信给朝廷，表示愿意接受招安。
僖宗回书准降，诏授王仙芝左神策军押牙兼监察御史之职。
王仙芝便欲就此投降，即派使往长安上书，却为黄巢部将截住，搜出降书。
黄巢看罢降书，勃然大怒，亲至王仙芝大营，表示坚决反对招安，并大骂王仙芝道：你我二人共立大誓，欲横行天下。
今汝独取官而去，使此五千余众，何所归乎？
说罢怒犹不息，复以怀杖击伤仙芝头部，头破血流，部众喧哗不已。
王仙芝知道黄巢武艺精绝，比自己有过之而无不及，且盐帮部众尚多，遂忍辱不言，诸将亦不敢轻动。
蕲州刺史裴偓不敢在营中多呆，终与王镣觑个方便，离了义军营寨，逃奔鄂州。
黄巢由此亦与王仙芝反目，气愤愤地，自引冤句子弟兵二千北上。
义军另有三千余人，则随从王仙芝大掠蕲州，转战淮南之地。
乾符四年二月，黄巢率军攻陷郓州，杀节度使薛崇，三月又破沂州。
王仙芝一度向南攻破鄂州，王、黄复又再度合兵。
但因攻打宋州不利，二人复又生争执，不久再次分兵。
乾符四年八月，王仙芝率部再次攻占安州、随州，以后又转攻复州、郢州。
虽然不断取得胜利，但连续作战经年，城池常常得而复失，部众陆续折损，便觉渐致强弩之末，有些后力不继起来。
自唐僖宗于是年三月布《讨草贼诏