现在还剩下一个平西将军、荆州刺史司马休之。
司马休之是晋王朝的宗室，他代刘毅为荆州刺史后，深得江、汉一带人心，刘裕觉得他是自己将来的一个障碍，就想除掉他。
义熙十年，刘裕先以其性情凶暴的长子司马文思多行不法为由，把文思送给司马休之，让他严加训诫，实际上是要他杀掉他的儿子——这实在是强人所难。司马休之只是上表朝廷废黜儿子的继承权，并向刘裕表示道歉而已。
到了次年正月，刘裕在京都收捕司马休之的儿子文宝和侄子文祖，随即杀了他们，然后率领大军西讨司马休之。
雍州刺史鲁宗之自疑终究不能为刘裕所容，就率领他的儿子竟陵太守鲁轨起兵响应司马休之。刘裕派参军檀道济和朱石挺进襄阳，江夏太守刘虔之率兵聚粮等待他们，但檀道济迟迟不来，鲁轨袭击刘虔之并杀了他。刘裕又派其女婿振武将军徐逵之率领参军蒯恩等挺进江夏口（长江与夏水交汇口，在今湖北沙市境内），徐逵之等与鲁轨激战，兵败被杀。刘裕时在江陵城对岸，得知女婿死况，大怒，亲自披甲渡江，司马休之四万兵一时崩溃；刘裕又派遣武陵内史王镇恶等追击，司马休之与鲁宗之鲁轨父子北逃后秦。
朝廷加刘裕太傅、扬州牧，剑履上殿，入朝不趋，赞拜不名，任命其弟刘道怜为荆州刺史。
剑履上殿，就是重臣上朝时可以不解佩剑，不脱鞋子；入朝不趋，就是上朝时不必小步快走，可以迈着方步；赞拜不名，是指朝拜皇帝时，赞礼的人不直呼其姓名，只称其官职：这都是帝王给予重臣的一种特殊礼遇。最早是刘邦因萧何“功第一”而给予萧何的礼遇，但也只有“剑履上殿，入朝不趋”两条，后来董卓也享有了这种待遇；到了曹操，就变成了三条“赞拜不名，入朝不趋，剑履上殿”，还说是“如萧何故事”。曹操以后，这三条基本上就连用了。
义熙十二年（公元416年）正月，朝廷加刘裕兖州刺史，都督二十二州诸军事，以其十一岁的世子刘义符为豫州刺史。三月，朝廷又加刘裕中外大都督。所谓朝廷，当然都是刘裕或其亲信的意思。
这年二月，后秦主姚兴死，其子姚泓即位，兄弟相杀，关中扰乱。
到了八月，刘裕让左仆射刘穆之入居东府总摄内外，太尉府左司马徐羡之协助他，自己亲率大军北伐后秦：龙骧将军王镇恶、冠军将军檀道济率步兵从淮河、淝水挺进许、洛，新野太守朱石、宁朔将军胡藩挺进阳城（在今河南登封东南），振武将军沈田子、建威将军傅弘之挺进武关（在今陕西丹凤东南），建武将军沈林子、彭城内史刘遵考率领水军从汴水进入黄河，以冀州刺史王仲德督前锋诸军。
王镇恶、檀道济进入后秦境内，所向披靡，后秦徐州刺史姚掌和兖州刺史韦华相继投降，随后晋军又攻克许昌。王仲德的水军进入黄河逼近滑台（在今河南滑县东滑县城，北临古黄河，军事要地。后为北魏四镇之一），魏守将兖州刺史尉建弃城渡河，王仲德占据滑台，魏人斩了尉建投尸黄河。
到了十月，后秦洛阳守将陈留公洸被迫出降，檀道济进入洛阳。朝廷下诏派遣高密王司马恢之祭扫五帝陵（晋之三祖宣、景、文陵墓和晋武帝、晋惠帝陵），太尉刘裕让冠军将军毛修之戍守