刘裕原本准备在灭南燕之后继续推进河、洛，收复中原，不料灭南燕的捷报还在南去的路上，朝廷的诏令就急急北上征刘裕回京：卢循、徐道覆正乘京都空虚，一路杀将过来。.
早在刘裕征讨桓玄的时候，缓过一口气的卢循再次聚众寇扰广州并俘获广州刺史吴隐之，他的谋士徐道覆进攻始兴（在今广东韶关）并俘获始兴相阮腆之。那时安帝刚返回京都不久，朝廷因无暇顾及，不得已就任命卢循为广州刺史，徐道覆为始兴相（此郡若是诸侯王的封邑，朝廷任命的最高长官就是“相”，职位同于太守）。后来听说刘裕北伐，徐道覆就力劝卢循乘虚袭击建康；卢循采纳后，二人兵分两路：卢循从始兴进攻长沙，徐道覆进攻南康（治所在今江西赣州）、庐陵（治所在今江西吉水东北）、豫章（治所在今江西南昌）。诸郡太守或相都纷纷逃命，徐道覆率大军得以顺流而下，直逼建康，京都惶恐，于是朝廷急召刘裕回京。
三月二十日，镇南将军、江州刺史何无忌与徐道覆战于豫章，大败，何无忌阵亡，于是京都更加惶恐，有人建议奉皇帝北逃以就刘裕；后来见徐道覆等一时还没有到达，此议才止。
与收复中原相比，目前保住大本营才是最重要的。
刘裕匆匆回撤。到达山阳（在今江苏淮安），刘裕听说何无忌战死，担忧京都失守，就带着十几个人日夜兼行。到了长江边上，他们问朝廷消息，行人也不知道眼前的就是刘裕，就说：“贼还未到，刘公若能回来就无所忧了！”
刘裕大喜，单船过江，先到京口，人心略安；四月初二到达建康，朝廷和百姓这才觉得有了依靠——可见这时刘裕在人们心中的地位了。
得知何无忌战败，而刘裕又在北方立了大功，卫将军、豫州刺史刘毅也想为自己的未来挣得一些筹码，于是准备讨伐卢循。刘裕认为贼势正盛，应待己战船建成一同前去征讨，但刘毅不听劝阻，独自率领二万水兵将士从姑孰出。此时卢循打败了到长沙迎战的荆州刺史刘道规的军队，正准备进攻荆州刺史治所江陵，徐道覆听说刘毅西上，急忙驰报卢循应与己合力迎战刘毅：“若胜刘毅，江陵不足忧！”于是卢循与徐道覆并力东向，五月初七在桑落洲（在今安徽宿松西南长江中）大败刘毅：刘毅只带着数百人弃船步行仓皇逃归，其余将士都被俘虏。
其时北师虽还，但伤病满营，京都将士不过数千，刘毅的败况让京都再次陷入恐惧之中。青州刺史诸葛长民和尚书左仆射孟昶再次建议拥帝过江，刘裕认为若如此势必崩溃，不听，孟昶恼怒自己的建议不被采纳，且认为是自己当初极力赞成刘裕北伐才导致卢循内逼，于是引咎自杀：一时间京都人心惶惶。
刘裕却成竹在胸。
他下令民众修建石头城，后来又听从部将建议砍伐树木，栅断石头城下的秦淮河入江口，又修治越城，筑查浦、药园、廷尉三营垒，命令将帅坚守勿动，不得贸然出战，违者斩。卢循、徐道覆逼近石头城之后，屡屡挑战，各守卫处或坚守不动，或在刘裕、刘毅、诸葛长民、朱龄石等的率领下，奋力抵抗，卢循、徐道覆奈何不得，终究无功。
朝廷任命刘裕为太尉、中书监，为刘裕加黄钺。刘裕只接受了黄钺。黄钺，是一种饰以黄金的长柄斧子，一般用以