天子仪仗，也授给有殊勋的重臣出兵征讨。
到了七月，卢循、徐道覆被迫南逃，准备先撤退到寻阳，然后攻取荆州；刘裕令王仲德、刘钟、孟怀玉等武将追赶。
刘裕回到东府，大力制造战船。卫将军、豫州刺史刘毅请求追逃卢循，刘裕的长史王诞私下建议刘裕不要让他的政敌在败军之后再立功以成就名望，刘裕就接受了这一建议，没有答应刘毅的请求。
到了十月，刘裕亲自率领兖州刺史刘藩等将领南击卢循，只让刘毅留守建康。
十二月，刘裕的大军在大雷（在今安徽望江，时为江防要地）与卢循、徐道覆激战，官军乘风火攻，卢循军大败，逃回寻阳，准备前往豫章，就尽力栅断彭蠡湖（今鄱阳湖）口。刘裕追赶到这里，即将交战，突然他的帅旗竿子折断，旗子沉入水中，众人以为是不祥之兆，都很惊惧，刘裕笑着说：“数年前讨伐桓玄的覆舟山一战，旗竿也折断了；今日又如此，看来必定破贼！”于是率军尽力攻栅，大胜，卢循单船南逃，其部众被杀或投水而死者达万余人。
卢循自建康撤退的时候，刘裕就分派建威将军孙处、振武将军沈田子率三千人从海道袭击卢循的根据地番禺（在今广州市南），众人认为海道难行，且分散现有兵力，并非当前要务；刘裕却认为大军十二月必破卢循，若能攻破番禺将使卢循南归无所。
义熙七年（公元411年）二月，官军追赶卢循，在始兴斩了徐道覆。卢循逃归番禺，见老巢已陷落，就带领残余围攻官军守将孙处二十余日，官军依赖沈田子急救，卢循败逃交州（治所在今越南境内）后投水而死，卢循、徐道覆势力被彻底平定。
朝廷再次任命刘裕为太尉、中书监，刘裕这才受命，因为他认为这时候可以接受这样的职位了。
义熙八年四月，朝廷任命豫州刺史刘毅为荆州刺史，都督荆、宁、秦、雍四州诸军事。他爱好文史，喜结交有清望的朝士，与尚书仆射谢混及丹阳尹郗僧施尤为友善；他又一向自视甚高，自以为讨伐桓玄的建义之功与刘裕相当，对刘裕身居高位掌控朝政心怀不满。离开豫州时，他把豫州的万余精兵带到了江陵；到了荆州后，他自以为占据上流要地，就开始密谋消灭刘裕：他先要求兼督交、广二州以扩大自己的力量，刘裕答应了；接着又要求让郗僧施担任南蛮校尉（军府设在江陵，是朝廷为管辖西南部蛮民而专门设置的一个高级将领，和领兵的州刺史一样，官阶四品），刘裕又答应了。
到了九月，刘毅病重，郗僧施担心刘毅要是死了同党将处境艰难，就劝他邀堂弟兖州刺史刘藩来辅助自己，刘毅依照郗僧施的建议请示朝廷，刘裕假装答应了。
刘藩从广陵入京，刘裕就用诏书罪状刘毅，说他和刘藩以及谢混等人图谋不轨，接着就收捕了刘藩和谢混，然后出诏令赐二人死。
三日后，刘裕亲率大军，以参军王镇恶为前锋征讨刘毅，让豫州刺史诸葛长民留守，同时安排太尉司马兼丹阳尹刘穆之协助诸葛长民。
王镇恶为了迷惑刘毅，就以刘藩西上为幌子，打着刘藩的旗号昼夜兼行，因此所过之处无人知道是官军征讨。离江陵还有五六里时，王镇恶道遇刘毅干将朱显之，朱显之不见刘兖州，却见军人担负着彭排（作战时