对于方孝孺的死，其实实录的记载也是比较明确的，按照实录：“时有执方孝孺来献者，上指宫中烟焰，谓孝孺曰：“此皆汝辈所为，汝罪何逃？”孝孺叩头祈哀。上顾左右曰：“勿令遽死。”遂收之，执奸臣齐泰、黄子澄、方孝孺等至阙下。上数其罪，咸伏辜，遂戮于市。”
对于实录的这个说法，朱载坖认为也是有些掩饰的，方孝孺明知必死，未必会摇尾乞怜，因为他很清楚自己的下场，这么做没有任何意义，应该是实录为了凸显靖难的正义性，有所掩饰，但是大体事实并没有歪曲，所谓诛十族一说，显然是胡扯。
朱载坖命令厂卫和翰林院等将事弄清楚，第一个有关所谓族诛和方孝孺拒草诏一事的版本出现在天顺年间，时任内阁首辅李贤的天顺日记中，按照李贤的记载：“文庙过江之日，初即位，欲诏示天下，问姚广孝举代草者，曰：“必须方孝孺。”召之数次，不来。以势逼之，不得已，孝孺持斩衰而行见。文庙即命草诏，乃举声大哭曰：“将何为辞？”敕左右禁其哭，授以笔，即投之地，曰：“有死而已，诏不可草。”文庙大怒，以凌迟之刑刑之，遂夷其族。”
这里面出现了后面方孝孺形象的两个关键点，第一就是拒草诏，第二就是族诛，在成化、弘治年间的广东按察佥事宋端仪写了一本所谓革除录，在其中他就认为李贤的这个记录“此一段未甚得其实，姑存之。”他之所以这么认为，不是因为李贤编的太夸张，而是认为李贤编的不够夸张。
宋端仪同情建文朝的忠臣事迹遗失，于是搜辑遗事，编写了《革除录》。建文朝忠臣有史书记载，自宋端仪开始。宋端仪还为方孝孺编了一段绝命词：“天降乱离兮，孰知其由。三纲易位兮，四维不修。骨肉相残兮，至亲为仇。奸臣得计兮，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流。以此徇君兮，抑又何求。呜呼哀哉兮，庶不我尤！”
同时将李贤所说的夷其族具体化，记载了方孝孺殉难株连的人数：“今按南京锦衣卫镇抚司监簿，除前编缺坏外，所存簿籍载正学宗族抄扎人口有八百四十七人。”这就非常之扯了，你宋端仪一个按察佥事，说个不好听的，虽然是四品大员，但是锦衣卫又不是你家开的，怎么，你宋端仪把锦衣卫阁架库搬你家书房了，再说了，就算成祖要大规模诛戮方孝孺的家人，这种他妈的事情，怎么能公开呢？还记得清清楚楚，有零有整的，对政敌族人进行株连是很常见的，禁毁书籍、捉拿门人也是常有之事，但是至少在宋端仪的时候，所谓诛十族这个事情是不存在。
谁第一个提出这个事情？经过翰林院和厂卫的调查，第一个提出所谓诛十族这个说法的，是祝枝山，他在自己的野史中记录道：“文皇既即位，问广孝谁可草诏。广孝以方对，遂召之。数往返，方竟不行，乃强持之入，方被斩衰行哭。既至，令视草，大号詈