朝廷要构筑永备工事，也就是官军在防御作战中占领的阵地，指从防御前沿至后方及左右分界的地域，建成完善的防御体系，作为官军抵挡北方入侵的重要节点，为官军机动部队的集结和反击赢得时间，除此之外，原来的边墙也要予以修缮，作为官军的第二道防线，同时在两道防线之间，配置相应的机动和防御部队，用以增援官军的各防御支撑点，同时练兵军务处和五军都督府要和各镇、各都司一道，制定预设方案并且加以演练，强化官军的反应速度。
而在西北，则是以支持李成梁经略西域为主，首先就是修通从河套经由甘肃到哈密的道路，方便朝廷将河套屯田的粮食运输到哈密去，用作支持官军在西域作战，同时加强西宁的防御，强化青海镇和青海都司各卫所的实力，稳住李成梁的后方，从土默特、乌斯藏和青海购买马匹、骆驼等牲畜，用以保障官军的后勤。
而在沿海，也要加强防御，首先是三大舰队的会哨问题，所谓会哨，就是各舰队定期巡视大明的海疆，然后在固定的地方予以交接，表明大明的水师进行了巡视，朱载坖认为要加强巡视，同时放宽大明的海上警戒圈，倭国、琉球等要配置巡海快船，远出查探，提前发现敌情。
而各处的缉私水师和近海防御水师，也要配置一些大船，不能全都是巡海快船，同时在重要的沿海港口还要建造岸防炮台，之前朝廷已经在松江府、天津府等地方建设了岸防炮台，不过朱载坖仍然认为现在的炮台数量不够，要在长江口、珠江口、大沽等地建设岸防炮台，守卫大明的要害之地。
除此之外，就是加强预备队建设，对于大明朝廷来说，京营、亲军诸卫、御马监禁兵和中军都督府下辖官军，是朝廷可以随时调度的机动力量，也是官军的预备队，朝廷征讨四方，往往都用京营支援当地官军，所以京营等京师附近的兵马尤其重要，是朝廷居中统御，控扼四方的重要支柱，所以朱载坖一向很重视京营和亲军诸卫等官军的建设。
朱载坖和徐渭、戚继光等人商量之后，一方面将保定秋操予以确定下来，同时将部分精锐官军提前配置在重要的交通要道、关津渡口之处，便于朝廷随时调度。除了京师和天津之外，山东也是极为重要的，自古便是战略要地，北上占据山东可觊觎河洛地区，南下控制山东可俯瞰江淮流域，要加强对于山东、河南两省的控制，还有继续在两湖推动改土归流和开发江汉平原，作为大明的重要粮食产区，保证大明国内的粮食供应。
同时对于各地的国防地理也要予以详尽的调查，保证朝廷的国防决策不出错误。