出身贫寒的童生，为家中糊口计，不得已只好将自己府取之名售人，令人顶替，这些也是知府无法控制的。
而在童生试中，最重要的自然是院试了，院试有朝廷派出的提学主持，相对来说等级最高，也是这三场考试中最重要的，一旦通过院试，就可以取得生员功名，摆脱白身了。所以不管是朝廷还是地方，对于院试都是十分重视的，而且院试也是最为正规的考试。
经过县试、府试而被府县录取的儒童，由府酌定地方人才多寡，取定名数，备造年貌、三代籍贯、经书文册，送院道试夺。有些学使处事严厉，还截去府取名额后段，不予收考。府、州、县原取之卷，装束固封，由提学院道官员调查笔迹异同，以辨有无替代等弊。可以说对于提学主持的院试，是科举前三场中最关键的一场了。
朝廷派遣学政，对于这些童生的学识水平进行考核，力图通过院试消弭地方对于科举的干涉，甚至在院试之后，生员在正式入官学前，还需要进行一次覆试，主要是核对该生员的笔迹，防止生员之前冒名顶替。朝廷对于学政是很重视的，朝廷明确规定：“生员有缺，即于本处，不问官员军民之家，选择俊秀端重子弟有志于学者，考试补充，不许听信有司及学官受私滥举。”
在童生试中，为了防止地方势力干预科举，朝廷以府试淘汰大部分的无才学之人，同时又以学政主持院试，将录取生员的权力收归学政，按照朝廷规定，童试的一般程序为州县先考、继而送府、府送提学院道。但是提学官可摈弃府、州、县试，允许童生径赴学道处考验，朝廷之所以赋予提学这么重的权力，就是为了保证童生试的公平。
但是即便是如此，学政也不免受到各方势力的影响，其中最典型的就是所谓的续案，续案就是在总案发布后，续添童生姓名于原案，补入官学。这种正取之外的续案，往往因荐牍而取，而且其关系网非常复杂。富家子弟由此而入，寒门之士或终身淹抑，是最被人所诟病了。
对于这些种种弊端，朝廷并非不知，甚至也采取了很多的手段予以遏制，但是总的来说，收效甚微，在生员选取中，弊端丛生，这点不仅仅是朱载坖这么认为的，其实朝廷大员也是这么认为的，在童生试中，舞弊最为严重的就是南直、浙江、福建、江西等所谓的科举强省了，因为这些地方的童生试竞争极为激烈，所以各种手段频出，也是很正常的事情。
大明的官学是有定额的，官学的生员定额为在京府学120名，其他府学80名，州学60名，县学40名。而想要参与童生试的考生是多少呢？一些文化教育比较发达地区的应县试人数多达二千人以上，这个比例无怪乎要八仙过海各显神通了。